SMTL ID : 1qzr.1

CRYSTAL STRUCTURE OF THE ATPASE REGION OF SACCHAROMYCES CEREVISIAE TOPOISOMERASE II BOUND TO ICRF-187 (DEXRAZOXANE)

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.90 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x MG: MAGNESIUM ION(Non-covalent)

MG.1: 2 residues within 4Å: Chain A: N.75 Ligands: ANP.2 No protein-ligand interaction detected (PLIP) MG.3: 2 residues within 4Å: Chain B: N.75 Ligands: ANP.5 No protein-ligand interaction detected (PLIP)

2 x ANP: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER(Non-covalent)

ANP.2: 25 residues within 4Å: Chain A: E.71, N.75, N.79, R.82, N.104, I.109, I.125, F.126, T.131, S.132, S.133, N.134, G.145, R.146, N.147, G.148, Y.149, G.150, A.151, K.152, T.200, Q.370, K.372 Chain B: Y.17 Ligands: MG.1 25 PLIP interactions: 24 interactions with chain A, 1 interactions with chain B Hydrogen bonds: A:N.75, A:N.104, A:S.132, A:S.133, A:S.133, A:N.134, A:R.146, A:N.147, A:N.147, A:G.148, A:Y.149, A:Y.149, A:G.150, A:A.151, A:Q.370, A:K.372, A:K.372 Water bridges: A:E.71, A:D.78, A:N.104, A:N.104, A:N.104, A:S.133, B:Y.17 Salt bridges: A:K.152 ANP.5: 25 residues within 4Å: Chain A: Y.17 Chain B: E.71, N.75, N.79, R.82, N.104, I.109, I.125, F.126, T.131, S.132, S.133, N.134, G.145, R.146, N.147, G.148, Y.149, G.150, A.151, K.152, T.200, Q.370, K.372 Ligands: MG.3 21 PLIP interactions: 21 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:N.75, B:N.104, B:S.132, B:S.133, B:S.133, B:N.134, B:R.146, B:N.147, B:G.148, B:Y.149, B:Y.149, B:G.150, B:A.151, B:Q.370, B:K.372, B:K.372 Water bridges: B:D.78, B:N.104, B:N.104, B:N.104 Salt bridges: B:K.152

1 x CDX: (S)-4,4'-(1-METHYL-1,2-ETHANEDIYL)BIS-2,6-PIPERAZINEDIONE(Non-covalent)

CDX.4: 14 residues within 4Å: Chain A: H.25, T.32, Y.33, N.147, Y.149, L.153, Q.370 Chain B: H.25, T.32, Y.33, N.147, Y.149, L.153, Q.370 5 PLIP interactions: 4 interactions with chain A, 1 interactions with chain B Hydrogen bonds: A:T.32, A:Q.370, B:Q.370 Water bridges: A:Q.22, A:Y.33

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Classen, S. et al., Structure of the topoisomerase II ATPase region and its mechanism of inhibition by the chemotherapeutic agent ICRF-187. Proc.Natl.Acad.Sci.USA (2003)

Release Date

2003-09-30

Peptides

DNA topoisomerase II: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

DNA topoisomerase II

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