SMTL ID : 1v7c.2 (1 other biounit)

Crystal structure of threonine synthase from thermus thermophilus hb8 in complex with a substrate analogue

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.00 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x HEY: (2E)-2-[({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)AMINO]-5-PHOSPHONOPENT-2-ENOIC ACID(Non-covalent)

HEY.1: 25 residues within 4Å: Chain A: F.60, K.61, A.83, S.84, T.85, G.86, N.87, T.88, F.134, N.154, S.155, R.160, P.185, V.186, G.187, N.188, A.189, G.190, N.191, A.240, I.241, E.287, S.290, T.317, G.318 32 PLIP interactions: 32 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:F.134, A:N.188, A:I.241, A:E.287 Hydrogen bonds: A:K.61, A:T.85, A:T.85, A:G.86, A:N.87, A:N.87, A:T.88, A:T.88, A:T.88, A:N.154, A:S.155, A:R.160, A:R.160, A:G.187, A:N.188, A:N.188, A:A.189, A:G.190, A:N.191 Water bridges: A:K.61, A:K.116, A:S.155, A:S.155, A:N.191, A:I.192 Salt bridges: A:K.61, A:K.61 pi-Stacking: A:F.60 HEY.2: 25 residues within 4Å: Chain B: F.60, K.61, A.83, S.84, T.85, G.86, N.87, T.88, F.134, N.154, S.155, R.160, P.185, V.186, G.187, N.188, A.189, G.190, N.191, A.240, I.241, E.287, S.290, T.317, G.318 31 PLIP interactions: 31 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:F.134, B:I.241, B:E.287 Hydrogen bonds: B:K.61, B:T.85, B:G.86, B:N.87, B:N.87, B:T.88, B:T.88, B:T.88, B:N.154, B:S.155, B:R.160, B:R.160, B:G.187, B:N.188, B:N.188, B:A.189, B:G.190, B:N.191, B:T.317 Water bridges: B:K.61, B:K.116, B:S.155, B:S.155, B:N.191, B:I.192 Salt bridges: B:K.61, B:K.61 pi-Stacking: B:F.60

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Omi, R. et al., Crystal structures of threonine synthase from Thermus thermophilus HB8: conformational change, substrate recognition, and mechanism. J.Biol.Chem. (2003)

Release Date

2003-12-30

Peptides

THREONINE SYNTHASE: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
C

B
D

THREONINE SYNTHASE

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