SMTL ID : 2b0m.1

Human dihydroorotate dehydrogenase bound to a novel inhibitor

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.00 Å

Oligo State

monomer

Ligands

1 x 201: 3-AMIDO-5-BIPHENYL-BENZOIC ACID(Non-covalent)

201.1: 16 residues within 4Å: Chain A: Y.35, M.40, L.43, Q.44, P.49, A.52, H.53, A.56, L.64, L.65, F.95, R.133, Y.353, L.356, T.357, P.361 12 PLIP interactions: 12 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:Y.35, A:L.43, A:A.52, A:A.56, A:L.65, A:T.357, A:P.361 Hydrogen bonds: A:Q.44, A:Y.353 Water bridges: A:Y.353, A:Y.353 Salt bridges: A:R.133

1 x FMN: FLAVIN MONONUCLEOTIDE(Non-covalent)

FMN.2: 24 residues within 4Å: Chain A: A.92, A.93, G.94, K.97, G.116, S.117, N.142, Y.144, N.178, N.209, K.252, T.280, N.281, T.282, S.302, G.303, L.306, V.330, G.331, G.332, L.352, Y.353, T.354 Ligands: ORO.3 23 PLIP interactions: 23 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:N.142, A:Y.144, A:Y.353, A:Y.353 Hydrogen bonds: A:A.93, A:K.97, A:S.117, A:N.178, A:K.252, A:K.252, A:N.281, A:S.302, A:G.303, A:G.332, A:Y.353, A:T.354, A:T.354 Water bridges: A:A.93, A:S.117, A:G.331, A:V.333, A:V.333, A:A.355

1 x ORO: OROTIC ACID(Non-covalent)

ORO.3: 12 residues within 4Å: Chain A: K.97, N.142, R.143, Y.144, G.145, F.146, N.209, S.212, N.214, N.281, T.282 Ligands: FMN.2 13 PLIP interactions: 13 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:F.146 Hydrogen bonds: A:N.142, A:N.142, A:N.142, A:G.145, A:F.146, A:N.209, A:N.214, A:N.281, A:N.281 Water bridges: A:S.212, A:S.212 Salt bridges: A:K.97

Links

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Citation

Hurt, D.E. et al., Brequinar derivatives and species-specific drug design for dihydroorotate dehydrogenase. Bioorg.Med.Chem.Lett. (2006)

Release Date

2005-09-27

Peptides

Dihydroorotate dehydrogenase, mitochondrial: A

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

Dihydroorotate dehydrogenase, mitochondrial