- Coordinates
- PDB Format
- Method
- X-RAY DIFFRACTION 1.95 Å
- Oligo State
- homo-dimer
- Ligands
- 5 x BR: BROMIDE ION(Non-covalent)
- 2 x FMN: FLAVIN MONONUCLEOTIDE(Non-covalent)
FMN.4: 22 residues within 4Å:- Chain A: A.23, A.24, G.25, K.48, S.49, Y.63, N.72, M.74, N.132, K.169, V.198, N.199, S.200, G.226, G.227, V.230, C.253, G.254, G.255, G.276, T.277
- Ligands: ORO.5
18 PLIP interactions:18 interactions with chain A- Hydrophobic interactions: A:Y.63, A:Y.63
- Hydrogen bonds: A:A.24, A:S.49, A:S.49, A:S.49, A:K.169, A:K.169, A:N.199, A:G.227, A:G.255, A:G.276, A:T.277
- Water bridges: A:S.102, A:G.254, A:G.254, A:V.256, A:V.256
FMN.9: 23 residues within 4Å:- Chain B: A.23, A.24, G.25, K.48, S.49, Y.63, N.72, M.74, N.132, K.169, V.198, N.199, S.200, G.226, G.227, V.230, C.253, G.254, G.255, V.275, G.276, T.277
- Ligands: ORO.10
19 PLIP interactions:19 interactions with chain B- Hydrophobic interactions: B:Y.63, B:Y.63
- Hydrogen bonds: B:A.24, B:S.49, B:S.49, B:S.49, B:K.169, B:K.169, B:N.199, B:G.227, B:G.255, B:G.276, B:T.277, B:T.277
- Water bridges: B:K.48, B:G.254, B:G.254, B:V.256, B:V.256
- 2 x ORO: OROTIC ACID(Non-covalent)
ORO.5: 13 residues within 4Å:- Chain A: K.48, N.72, S.73, M.74, G.75, L.76, N.132, C.135, P.136, N.137, N.199, S.200
- Ligands: FMN.4
13 PLIP interactions:13 interactions with chain A- Hydrophobic interactions: A:L.76
- Hydrogen bonds: A:N.72, A:N.72, A:N.72, A:M.74, A:G.75, A:L.76, A:N.132, A:N.137, A:N.199, A:N.199, A:S.200
- Salt bridges: A:K.48
ORO.10: 13 residues within 4Å:- Chain B: K.48, N.72, S.73, M.74, G.75, L.76, N.132, C.135, P.136, N.137, N.199, S.200
- Ligands: FMN.9
13 PLIP interactions:13 interactions with chain B- Hydrophobic interactions: B:L.76
- Hydrogen bonds: B:N.72, B:N.72, B:N.72, B:M.74, B:G.75, B:L.76, B:N.132, B:N.137, B:N.199, B:N.199, B:S.200
- Salt bridges: B:K.48
- 2 x GOL: GLYCEROL(Non-functional Binders)
GOL.6: 4 residues within 4Å:- Chain A: Y.63, M.74, H.280
- Ligands: BR.2
No protein-ligand interaction detected (PLIP)GOL.11: 6 residues within 4Å:- Chain A: K.219, Q.220, F.222
- Chain B: I.176, R.243, R.244
5 PLIP interactions:3 interactions with chain B, 2 interactions with chain A- Hydrogen bonds: B:R.243, B:R.244, B:R.244, A:K.219, A:Q.220
- Links
- RCSB PDBe PDBe-KB PDBj PDBsum CATH PLIP
- Citation
- Arakaki, T.L. et al., Characterization of Trypanosoma brucei dihydroorotate dehydrogenase as a possible drug target; structural, kinetic and RNAi studies. Mol.Microbiol. (2008)
- Release Date
- 2005-10-11
- Peptides
- dihydroorotate dehydrogenase: AB
- SMTL:PDB
- SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:A
CB
D
- Coordinates
- PDB Format
- Method
- X-RAY DIFFRACTION 1.95 Å
- Oligo State
- homo-dimer
- Ligands
- 5 x BR: BROMIDE ION(Non-covalent)
- 2 x FMN: FLAVIN MONONUCLEOTIDE(Non-covalent)
- 2 x ORO: OROTIC ACID(Non-covalent)
- 2 x GOL: GLYCEROL(Non-functional Binders)
- Links
- RCSB PDBe PDBe-KB PDBj PDBsum CATH PLIP
- Citation
- Arakaki, T.L. et al., Characterization of Trypanosoma brucei dihydroorotate dehydrogenase as a possible drug target; structural, kinetic and RNAi studies. Mol.Microbiol. (2008)
- Release Date
- 2005-10-11
- Peptides
- dihydroorotate dehydrogenase: AB
- SMTL:PDB
- SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:A
CB
D