SMTL ID : 2b69.1

Crystal Structure of Human UDP-glucoronic acid decarboxylase

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.21 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x NAD: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE(Non-covalent)

NAD.1: 30 residues within 4Å: Chain A: G.34, A.36, G.37, F.38, V.39, D.58, N.59, F.60, F.61, T.62, G.63, H.82, D.83, V.84, L.98, A.99, S.100, P.101, A.102, T.117, A.139, S.140, T.141, Y.170, K.174, I.197, F.198, N.199, T.200, R.211 28 PLIP interactions: 28 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:I.197, A:I.197 Hydrogen bonds: A:A.36, A:F.38, A:V.39, A:N.59, A:F.60, A:F.61, A:T.62, A:T.62, A:T.62, A:G.63, A:D.83, A:V.84, A:L.98, A:S.100, A:T.117, A:Y.170, A:K.174, A:T.200, A:T.200, A:R.211 Water bridges: A:G.37, A:G.40, A:T.62, A:A.102, A:N.199 Salt bridges: A:R.211 NAD.4: 30 residues within 4Å: Chain B: G.34, A.36, G.37, F.38, V.39, D.58, N.59, F.60, F.61, T.62, G.63, H.82, D.83, V.84, L.98, A.99, S.100, P.101, A.102, T.117, A.139, S.140, T.141, Y.170, K.174, I.197, F.198, N.199, T.200, R.211 26 PLIP interactions: 26 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:I.197, B:I.197 Hydrogen bonds: B:A.36, B:F.38, B:V.39, B:N.59, B:F.60, B:F.61, B:T.62, B:T.62, B:T.62, B:G.63, B:D.83, B:V.84, B:L.98, B:S.100, B:K.174, B:T.200, B:T.200, B:R.211 Water bridges: B:G.37, B:G.40, B:T.62, B:A.102, B:N.199 Salt bridges: B:R.211

4 x UDP: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE(Non-covalent)

UDP.2: 16 residues within 4Å: Chain A: P.104, R.167, N.199, G.210, R.211, V.212, N.215, F.216, T.227, V.228, Y.229, Q.234, R.236, I.270, D.296, R.300 21 PLIP interactions: 21 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:V.212 Hydrogen bonds: A:N.199, A:V.212, A:N.215, A:T.227, A:Y.229, A:Q.234, A:D.296 Water bridges: A:R.167, A:R.167, A:R.167, A:N.199, A:G.210, A:V.213, A:T.227, A:A.293, A:R.300 Salt bridges: A:R.167, A:R.236, A:R.300 pi-Stacking: A:Y.229 UDP.3: 11 residues within 4Å: Chain A: P.87, L.88, Y.89, L.123, N.124, G.127, L.128, K.130, R.131, Y.184 Chain B: K.116 17 PLIP interactions: 13 interactions with chain A, 4 interactions with chain B Hydrogen bonds: A:L.88, A:L.88, A:R.131, A:Y.184 Water bridges: A:Y.89, A:Y.89, A:N.124, A:K.130, A:K.130, A:K.130, B:K.116, B:K.116 Salt bridges: A:K.130, A:K.130, B:K.116, B:K.116 pi-Stacking: A:Y.89 UDP.5: 16 residues within 4Å: Chain B: P.104, R.167, N.199, G.210, R.211, V.212, N.215, F.216, T.227, V.228, Y.229, Q.234, R.236, I.270, D.296, R.300 22 PLIP interactions: 22 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:V.212 Hydrogen bonds: B:N.199, B:V.212, B:N.215, B:T.227, B:T.227, B:Y.229, B:Q.234, B:D.296 Water bridges: B:R.167, B:R.167, B:R.167, B:N.199, B:G.210, B:V.213, B:Q.219, B:A.293, B:R.300 Salt bridges: B:R.167, B:R.236, B:R.300 pi-Stacking: B:Y.229 UDP.6: 11 residues within 4Å: Chain A: K.116 Chain B: P.87, L.88, Y.89, L.123, N.124, G.127, L.128, K.130, R.131, Y.184 15 PLIP interactions: 11 interactions with chain B, 4 interactions with chain A Hydrogen bonds: B:L.88, B:L.88, B:R.131 Water bridges: B:Y.89, B:N.124, B:K.130, B:K.130, B:K.130, A:K.116, A:K.116 Salt bridges: B:K.130, B:K.130, A:K.116, A:K.116 pi-Stacking: B:Y.89

Links

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Citation

Ugochukwu, E. et al., Crystal Structure of Human UDP-glucoronic acid decarboxylase. To be Published

Release Date

2005-10-18

Peptides

UDP-glucuronate decarboxylase 1: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
A

UDP-glucuronate decarboxylase 1