SMTL ID : 2d1c.1

Crystal Structure Of TT0538 protein from Thermus thermophilus HB8

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.80 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x NAP: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE(Non-covalent)

NAP.1: 30 residues within 4Å: Chain A: I.30, K.85, P.87, L.88, E.89, T.90, N.100, R.104, L.261, G.262, E.277, V.279, H.280, G.281, S.282, A.283, P.284, K.285, Y.286, I.292, N.293, D.334, Y.338 Chain B: N.193, I.222, N.225, H.228, Q.229, K.232 Ligands: CIT.2 30 PLIP interactions: 21 interactions with chain A, 9 interactions with chain B Hydrogen bonds: A:K.85, A:L.88, A:T.90, A:T.90, A:T.90, A:N.100, A:R.104, A:E.277, A:G.281, A:G.281, A:S.282, A:A.283, A:K.285, A:Y.286, A:N.293, A:N.293, A:Y.338, B:N.193, B:Q.229, B:Q.229 Water bridges: A:E.89, A:L.261, A:A.296, B:N.225, B:N.225, B:K.232, B:K.232, B:K.232 Salt bridges: A:K.285, B:K.232 NAP.3: 30 residues within 4Å: Chain A: N.193, I.222, N.225, H.228, Q.229, K.232 Chain B: I.30, K.85, P.87, L.88, E.89, T.90, N.100, R.104, L.261, G.262, E.277, V.279, H.280, G.281, S.282, A.283, P.284, K.285, Y.286, I.292, N.293, D.334, Y.338 Ligands: CIT.4 29 PLIP interactions: 21 interactions with chain B, 8 interactions with chain A Hydrogen bonds: B:K.85, B:L.88, B:T.90, B:T.90, B:T.90, B:N.100, B:R.104, B:E.277, B:G.281, B:G.281, B:S.282, B:A.283, B:K.285, B:Y.286, B:N.293, B:N.293, A:N.193, A:Q.229, A:Q.229 Water bridges: B:L.261, B:G.262, B:K.285, B:A.296, A:I.222, A:N.225, A:K.232, A:K.232 Salt bridges: B:K.285, A:K.232

2 x CIT: CITRIC ACID(Non-functional Binders)

CIT.2: 14 residues within 4Å: Chain A: T.90, S.98, N.100, V.101, R.104, R.114, R.137, Y.144, D.248 Chain B: K.191, N.193, I.194, D.224 Ligands: NAP.1 17 PLIP interactions: 10 interactions with chain A, 7 interactions with chain B Hydrogen bonds: A:S.98, A:N.100, A:D.248, B:K.191, B:N.193 Water bridges: A:R.104, A:E.277, B:K.191, B:D.224 Salt bridges: A:R.104, A:R.104, A:R.114, A:R.137, A:R.137, B:K.191, B:K.191 Hydrophobic interactions: B:I.194 CIT.4: 14 residues within 4Å: Chain A: K.191, N.193, I.194, D.224 Chain B: T.90, S.98, N.100, V.101, R.104, R.114, R.137, Y.144, D.248 Ligands: NAP.3 17 PLIP interactions: 6 interactions with chain A, 11 interactions with chain B Hydrophobic interactions: A:I.194 Hydrogen bonds: A:K.191, A:N.193, B:S.98, B:N.100 Water bridges: A:K.191, A:D.224, B:R.104, B:R.114, B:R.114, B:N.268 Salt bridges: A:K.191, B:R.104, B:R.104, B:R.114, B:R.137, B:R.137

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Lokanath, N.K. et al., Crystal Structure Of TT0538 protein from Thermus thermophilus HB8. To be Published

Release Date

2006-10-10

Peptides

Isocitrate dehydrogenase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

Isocitrate dehydrogenase