SMTL ID : 2dc1.1

Crystal Structure Of L-Aspartate Dehydrogenase From Hyperthermophilic Archaeon Archaeoglobus fulgidus

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.90 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x CIT: CITRIC ACID(Non-functional Binders)

CIT.1: 12 residues within 4Å: Chain A: A.111, K.134, N.160, L.161, N.162, V.163, N.187, H.189, K.214, T.215, S.216 Ligands: NAD.2 11 PLIP interactions: 11 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:V.163 Hydrogen bonds: A:K.134, A:L.161, A:N.162, A:N.162, A:V.163, A:N.187, A:S.216 Salt bridges: A:K.134, A:K.134, A:H.189 CIT.3: 12 residues within 4Å: Chain B: A.111, K.134, N.160, L.161, N.162, V.163, N.187, H.189, K.214, T.215, S.216 Ligands: NAD.4 13 PLIP interactions: 13 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:V.163 Hydrogen bonds: B:K.134, B:K.134, B:L.161, B:N.162, B:N.162, B:V.163, B:N.187, B:K.214, B:S.216 Salt bridges: B:K.134, B:K.134, B:H.189

2 x NAD: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE(Non-covalent)

NAD.2: 22 residues within 4Å: Chain A: G.7, Y.8, G.9, A.10, I.11, D.31, V.32, A.57, A.58, S.59, A.62, Y.66, L.80, S.81, G.110, A.111, N.162, V.163, N.212, T.215, A.219 Ligands: CIT.1 19 PLIP interactions: 19 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:T.215, A:A.219 Hydrogen bonds: A:Y.8, A:A.10, A:I.11, A:V.32, A:A.58, A:Y.66, A:Y.66, A:L.80, A:A.111, A:N.162, A:N.212, A:T.215 Water bridges: A:G.9, A:G.12, A:S.59, A:S.59, A:T.82 NAD.4: 23 residues within 4Å: Chain B: G.7, Y.8, G.9, A.10, I.11, D.31, V.32, R.33, A.57, A.58, S.59, A.62, Y.66, L.80, S.81, G.110, A.111, N.162, V.163, N.212, T.215, A.219 Ligands: CIT.3 17 PLIP interactions: 17 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:T.215, B:A.219 Hydrogen bonds: B:A.10, B:I.11, B:V.32, B:R.33, B:R.33, B:A.58, B:Y.66, B:L.80, B:A.111, B:N.162, B:N.212 Water bridges: B:G.9, B:G.12, B:Q.60, B:Q.60

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Yoneda, K. et al., Crystal structure of archaeal highly thermostable L-aspartate dehydrogenase/NAD/citrate ternary complex. Febs J. (2007)

Release Date

2006-12-26

Peptides

L-aspartate dehydrogenase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

L-aspartate dehydrogenase