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SMTL ID : 2dor.1
DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE A FROM LACTOCOCCUS LACTIS COMPLEXED WITH OROTATE
Coordinates
PDB Format
Method
X-RAY DIFFRACTION 2.00 Å
Oligo State
homo-dimer
Ligands
2 x
FMN
:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE
(Non-covalent)
FMN.1:
23 residues within 4Å:
Chain A:
A.18
,
S.19
,
G.20
,
V.21
,
K.43
,
S.44
,
Y.58
,
N.67
,
M.69
,
N.127
,
K.164
,
V.192
,
N.193
,
S.194
,
G.220
,
G.221
,
I.224
,
T.248
,
G.249
,
G.250
,
G.271
,
T.272
Ligands:
ORO.2
21
PLIP interactions
:
21 interactions with chain A
Hydrophobic interactions:
A:V.21
,
A:Y.58
Hydrogen bonds:
A:S.19
,
A:S.44
,
A:S.44
,
A:S.44
,
A:K.164
,
A:K.164
,
A:N.193
,
A:G.221
,
A:G.250
,
A:G.271
,
A:T.272
Water bridges:
A:S.19
,
A:K.43
,
A:S.99
,
A:N.190
,
A:G.249
,
A:I.251
,
A:I.251
,
A:I.251
FMN.3:
23 residues within 4Å:
Chain B:
A.18
,
S.19
,
G.20
,
V.21
,
K.43
,
S.44
,
Y.58
,
N.67
,
M.69
,
N.127
,
K.164
,
V.192
,
N.193
,
S.194
,
G.220
,
G.221
,
I.224
,
T.248
,
G.249
,
G.250
,
G.271
,
T.272
Ligands:
ORO.4
22
PLIP interactions
:
22 interactions with chain B
Hydrophobic interactions:
B:V.21
,
B:Y.58
Hydrogen bonds:
B:S.19
,
B:S.44
,
B:S.44
,
B:S.44
,
B:K.164
,
B:K.164
,
B:N.193
,
B:G.221
,
B:G.250
,
B:G.271
,
B:T.272
,
B:T.272
Water bridges:
B:S.19
,
B:S.19
,
B:S.99
,
B:N.190
,
B:G.249
,
B:I.251
,
B:I.251
,
B:I.251
2 x
ORO
:
OROTIC ACID
(Non-covalent)
ORO.2:
13 residues within 4Å:
Chain A:
K.43
,
N.67
,
M.69
,
G.70
,
L.71
,
P.72
,
N.127
,
C.130
,
P.131
,
N.132
,
N.193
,
S.194
Ligands:
FMN.1
13
PLIP interactions
:
13 interactions with chain A
Hydrophobic interactions:
A:L.71
Hydrogen bonds:
A:N.67
,
A:N.67
,
A:N.67
,
A:M.69
,
A:G.70
,
A:L.71
,
A:N.127
,
A:N.132
,
A:N.193
,
A:N.193
,
A:S.194
Salt bridges:
A:K.43
ORO.4:
14 residues within 4Å:
Chain B:
K.43
,
N.67
,
S.68
,
M.69
,
G.70
,
L.71
,
P.72
,
N.127
,
C.130
,
P.131
,
N.132
,
N.193
,
S.194
Ligands:
FMN.3
13
PLIP interactions
:
13 interactions with chain B
Hydrophobic interactions:
B:L.71
Hydrogen bonds:
B:N.67
,
B:N.67
,
B:N.67
,
B:M.69
,
B:G.70
,
B:L.71
,
B:N.127
,
B:N.132
,
B:N.193
,
B:N.193
,
B:S.194
Salt bridges:
B:K.43
Links
RCSB
PDBe
PDBe-KB
PDBj
PDBsum
CATH
PLIP
Citation
Rowland, P. et al., The crystal structure of Lactococcus lactis dihydroorotate dehydrogenase A complexed with the enzyme reaction product throws light on its enzymatic function. Protein Sci. (1998)
Release Date
1998-08-12
Peptides
DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE A:
A
B
SMTL:PDB
SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:
A
A
B
B
Export Alignment
FASTA format
Clustal Format
PNG Image
Secondary Structure
None
DSSP
PSIPRED
SSpro
Colour Scheme
Fade Mismatches
Enhance Mismatches
Chain
Unique Chain
Rainbow
2° Structure
Bfactor
Bfactor Range
SOA
Entropy
Clustal
Hydrophobic
Size
Charged
Polar
Proline
Ser/Thr
Cysteine
Aliphatic
Aromatic
No Colour
Background
3D Viewer
NGL
PV
2D
FASTA
Multi FASTA
ClustalW
PNG
DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE A
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