SMTL ID : 2hjr.5 (14 other biounits)

Crystal Structure of Cryptosporidium parvum malate dehydrogenase

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.20 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x CIT: CITRIC ACID(Non-functional Binders)

CIT.1: 12 residues within 4Å: Chain A: R.94, R.100, I.130, N.132, M.155, L.159, R.163, H.187, G.230, A.242, P.246 Ligands: APR.2 13 PLIP interactions: 13 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:L.159, A:P.246 Hydrogen bonds: A:R.100, A:N.132, A:N.132, A:N.132 Water bridges: A:A.242 Salt bridges: A:R.94, A:R.100, A:R.100, A:R.163, A:H.187, A:H.187 CIT.3: 13 residues within 4Å: Chain B: R.94, R.100, I.130, N.132, L.159, R.163, H.187, G.230, V.234, S.241, A.242, P.246 Ligands: APR.4 13 PLIP interactions: 13 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:N.132, B:N.132, B:S.241, B:S.241 Water bridges: B:R.94, B:R.94, B:A.242, B:A.242 Salt bridges: B:R.94, B:R.100, B:R.100, B:R.163, B:H.187

2 x APR: ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE(Non-covalent)

APR.2: 21 residues within 4Å: Chain A: I.20, G.21, G.23, Q.24, I.25, D.45, I.46, I.47, Y.77, T.89, A.90, G.91, V.92, P.93, R.94, N.107, I.110, I.130, T.131, N.132 Ligands: CIT.1 12 PLIP interactions: 12 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:G.23, A:Q.24, A:I.25, A:I.46, A:G.91, A:V.92, A:R.94, A:N.107, A:I.130, A:N.132, A:N.132 Water bridges: A:G.26 APR.4: 21 residues within 4Å: Chain B: G.21, A.22, G.23, Q.24, I.25, D.45, I.46, I.47, Y.77, T.89, A.90, G.91, V.92, P.93, N.107, I.110, I.130, T.131, N.132, S.241 Ligands: CIT.3 12 PLIP interactions: 12 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:G.23, B:Q.24, B:I.25, B:I.46, B:Y.77, B:G.91, B:V.92, B:N.107, B:N.132, B:N.132, B:N.132 Water bridges: B:G.26

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Vedadi, M. et al., Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms. Mol.Biochem.Parasitol. (2007)

Release Date

2006-08-01

Peptides

Malate dehydrogenase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
I

B
J

Malate dehydrogenase

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