SMTL ID : 3enk.1

1.9A crystal structure of udp-glucose 4-epimerase from burkholderia pseudomallei

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.90 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x NAD: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE(Non-covalent)

NAD.1: 28 residues within 4Å: Chain A: G.12, A.14, G.15, Y.16, I.17, D.36, N.37, L.38, V.39, N.40, S.41, T.62, D.63, V.64, F.85, A.86, A.87, K.89, N.104, S.127, S.128, S.129, Y.153, K.157, Y.181, F.182, P.184 Ligands: UPG.2 28 PLIP interactions: 28 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:Y.181 Hydrogen bonds: A:G.12, A:Y.16, A:I.17, A:N.37, A:N.37, A:L.38, A:V.39, A:N.40, A:N.40, A:S.41, A:S.41, A:D.63, A:V.64, A:F.85, A:A.87, A:K.89, A:K.89, A:N.104, A:N.104, A:S.127, A:Y.153, A:K.157 Water bridges: A:G.15, A:G.18, A:N.40 Salt bridges: A:K.89, A:K.89 NAD.3: 28 residues within 4Å: Chain B: G.12, A.14, G.15, Y.16, I.17, D.36, N.37, L.38, V.39, N.40, S.41, T.62, D.63, V.64, F.85, A.86, A.87, K.89, N.104, S.127, S.128, S.129, Y.153, K.157, Y.181, F.182, P.184 Ligands: UPG.4 28 PLIP interactions: 28 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:Y.181 Hydrogen bonds: B:Y.16, B:I.17, B:N.37, B:N.37, B:L.38, B:V.39, B:N.40, B:N.40, B:S.41, B:D.63, B:V.64, B:F.85, B:A.87, B:K.89, B:N.104, B:N.104, B:S.127, B:Y.153, B:K.157 Water bridges: B:G.15, B:G.18, B:N.40, B:K.89, B:K.89, B:N.203 Salt bridges: B:K.89, B:K.89

2 x UPG: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE(Non-covalent)

UPG.2: 20 residues within 4Å: Chain A: V.91, S.129, T.131, N.151, Y.153, N.183, N.202, N.203, L.204, L.219, R.220, V.221, F.222, G.233, R.235, Y.237, V.273, R.296, D.299 Ligands: NAD.1 22 PLIP interactions: 22 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:S.129, A:T.131, A:N.151, A:N.183, A:N.203, A:N.203, A:L.204, A:R.220, A:F.222, A:Y.237, A:R.296, A:D.299 Water bridges: A:Y.153, A:M.205, A:G.233, A:R.235, A:R.235, A:R.235, A:R.235 Salt bridges: A:R.235, A:R.296 pi-Stacking: A:F.222 UPG.4: 19 residues within 4Å: Chain B: V.91, S.129, T.131, Y.153, N.183, N.202, N.203, L.204, L.219, R.220, V.221, F.222, G.233, R.235, Y.237, V.273, R.296, D.299 Ligands: NAD.3 15 PLIP interactions: 15 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:S.129, B:S.129, B:N.183, B:L.204, B:R.220, B:F.222, B:F.222, B:R.296, B:D.299 Water bridges: B:T.131, B:M.205, B:R.220 Salt bridges: B:R.235, B:R.296 pi-Stacking: B:F.222

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID), 1.9A crystal structure of udp-glucose 4-epimerase from burkholderia pseudomallei. To be Published

Release Date

2008-10-28

Peptides

UDP-glucose 4-epimerase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

UDP-glucose 4-epimerase