SMTL ID : 3qjg.1

Epidermin biosynthesis protein EpiD from Staphylococcus aureus

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.04 Å

Oligo State

homo-12-mer

Ligands

12 x FMN: FLAVIN MONONUCLEOTIDE(Non-covalent)

FMN.1: 23 residues within 4Å: Chain A: C.13, G.14, S.15, V.16, S.40, N.42, G.43, F.46, T.86, S.87, N.88, T.89, N.118, M.119, M.123 Chain C: F.67, L.68, H.70, C.98, D.99, T.104 Chain D: Q.54 Ligands: CL.3 25 PLIP interactions: 22 interactions with chain A, 3 interactions with chain C Hydrophobic interactions: A:V.16, A:F.46, C:F.67 Hydrogen bonds: A:G.14, A:G.14, A:V.16, A:S.40, A:N.42, A:G.43, A:T.86, A:S.87, A:N.88, A:T.89, A:T.89, A:N.118, A:N.118, C:T.104 Water bridges: A:N.17, A:T.41, A:N.42, A:N.88, A:N.100, A:N.100, C:N.69 pi-Stacking: A:F.46 FMN.4: 23 residues within 4Å: Chain A: P.66, F.67, L.68, H.70, C.98, D.99, T.104 Chain B: C.13, G.14, S.15, V.16, S.40, N.42, F.46, T.86, S.87, N.88, T.89, N.118, M.119, M.123 Chain K: Q.54 Ligands: CL.2 23 PLIP interactions: 19 interactions with chain B, 4 interactions with chain A Hydrophobic interactions: B:F.46, A:F.67 Hydrogen bonds: B:G.14, B:G.14, B:S.40, B:S.40, B:N.42, B:G.43, B:T.86, B:S.87, B:N.88, B:T.89, B:N.118, B:N.118, A:T.104, A:T.104 Water bridges: B:V.16, B:V.16, B:N.17, B:N.88, B:N.100, A:N.69 pi-Stacking: B:F.46 FMN.5: 23 residues within 4Å: Chain B: P.66, F.67, L.68, H.70, C.98, D.99, N.100, T.104 Chain C: C.13, G.14, S.15, V.16, S.40, N.42, F.46, T.86, S.87, N.88, T.89, N.118, M.119, M.123 Chain I: Q.54 26 PLIP interactions: 22 interactions with chain C, 4 interactions with chain B Hydrophobic interactions: C:F.46, B:F.67 Hydrogen bonds: C:G.14, C:G.14, C:S.40, C:S.40, C:N.42, C:T.86, C:S.87, C:N.88, C:T.89, C:N.118, C:N.118, B:T.104, B:T.104 Water bridges: C:V.16, C:V.16, C:N.17, C:N.42, C:N.88, C:N.100, C:N.100, C:N.120, C:N.120 pi-Stacking: C:F.46 pi-Cation interactions: B:H.70 FMN.6: 24 residues within 4Å: Chain A: Q.54 Chain D: C.13, G.14, S.15, V.16, S.40, N.42, G.43, F.46, T.86, S.87, N.88, T.89, N.118, M.119, M.123 Chain E: P.66, F.67, L.68, H.70, C.98, D.99, T.104 Ligands: CL.8 23 PLIP interactions: 20 interactions with chain D, 3 interactions with chain E Hydrophobic interactions: D:F.46, E:F.67 Hydrogen bonds: D:G.14, D:G.14, D:S.40, D:S.40, D:N.42, D:G.43, D:T.86, D:S.87, D:N.88, D:T.89, D:T.89, D:N.118, D:N.118, E:T.104 Water bridges: D:V.16, D:V.16, D:N.88, D:N.100, D:N.100, E:T.104 pi-Stacking: D:F.46 FMN.9: 22 residues within 4Å: Chain E: C.13, G.14, S.15, V.16, S.40, N.42, F.46, T.86, S.87, N.88, T.89, N.118, M.119, M.123 Chain F: P.66, F.67, L.68, H.70, C.98, D.99, N.100, T.104 23 PLIP interactions: 21 interactions with chain E, 2 interactions with chain F Hydrophobic interactions: E:F.46, F:F.67 Hydrogen bonds: E:G.14, E:G.14, E:S.40, E:N.42, E:T.86, E:S.87, E:N.88, E:T.89, E:T.89, E:N.118, E:N.118, F:T.104 Water bridges: E:V.16, E:V.16, E:T.41, E:N.42, E:N.100, E:N.100, E:N.120, E:N.120 pi-Stacking: E:F.46 FMN.10: 25 residues within 4Å: Chain D: F.67, L.68, N.69, H.70, C.98, D.99, N.100, T.104 Chain F: C.13, G.14, S.15, V.16, S.40, N.42, G.43, F.46, T.86, S.87, N.88, T.89, N.118, M.119, M.123 Chain H: Q.54 Ligands: CL.7 23 PLIP interactions: 18 interactions with chain F, 5 interactions with chain D Hydrophobic interactions: F:F.46, D:F.67 Hydrogen bonds: F:G.14, F:G.14, F:S.40, F:N.42, F:S.87, F:N.88, F:T.89, F:N.118, F:N.118, D:T.104, D:T.104 Water bridges: F:V.16, F:V.16, F:T.41, F:N.88, F:N.100, F:N.100, F:N.100, D:N.69 pi-Stacking: F:F.46 pi-Cation interactions: D:H.70 FMN.11: 23 residues within 4Å: Chain G: C.13, G.14, S.15, V.16, S.40, N.42, G.43, F.46, T.86, S.87, N.88, T.89, N.118, M.119, M.123 Chain I: P.66, F.67, L.68, H.70, C.98, D.99, N.100, T.104 21 PLIP interactions: 17 interactions with chain G, 4 interactions with chain I Hydrophobic interactions: G:F.46, I:F.67 Hydrogen bonds: G:G.14, G:G.14, G:V.16, G:S.40, G:N.42, G:S.87, G:N.88, G:T.89, G:N.118, G:N.118, I:T.104, I:T.104 Water bridges: G:N.88, G:N.100, G:N.100, G:N.120, G:N.120, I:N.69 pi-Stacking: G:F.46 FMN.12: 22 residues within 4Å: Chain G: P.66, F.67, L.68, H.70, C.98, D.99, T.104 Chain H: C.13, G.14, S.15, V.16, S.40, N.42, G.43, F.46, T.86, S.87, N.88, T.89, N.118, M.119, M.123 25 PLIP interactions: 22 interactions with chain H, 3 interactions with chain G Hydrophobic interactions: H:V.16, H:F.46, G:F.67 Hydrogen bonds: H:G.14, H:G.14, H:S.40, H:S.40, H:N.42, H:G.43, H:S.87, H:N.88, H:T.89, H:T.89, H:N.118, H:N.118, G:T.104 Water bridges: H:V.16, H:N.17, H:N.88, H:N.100, H:N.100, H:N.120, H:N.120 pi-Stacking: H:F.46 pi-Cation interactions: G:H.70 FMN.13: 23 residues within 4Å: Chain C: Q.54 Chain H: P.66, F.67, L.68, H.70, C.98, D.99, N.100, T.104 Chain I: C.13, G.14, S.15, V.16, S.40, N.42, F.46, T.86, S.87, N.88, T.89, N.118, M.119, M.123 26 PLIP interactions: 23 interactions with chain I, 3 interactions with chain H Hydrophobic interactions: I:F.46, H:F.67 Hydrogen bonds: I:G.14, I:G.14, I:S.40, I:S.40, I:N.42, I:S.87, I:N.88, I:T.89, I:T.89, I:N.118, I:N.118, H:T.104 Water bridges: I:V.16, I:N.17, I:N.17, I:N.42, I:N.42, I:N.88, I:N.100, I:N.100, I:N.120, I:N.120 pi-Stacking: I:F.46 pi-Cation interactions: H:H.70 FMN.14: 23 residues within 4Å: Chain G: Q.54 Chain J: C.13, G.14, S.15, V.16, S.40, N.42, F.46, T.86, S.87, N.88, T.89, N.118, M.119, M.123 Chain L: P.66, F.67, L.68, H.70, C.98, D.99, T.104 Ligands: CL.16 23 PLIP interactions: 19 interactions with chain J, 4 interactions with chain L Hydrophobic interactions: J:F.46, L:F.67 Hydrogen bonds: J:G.14, J:G.14, J:S.40, J:S.40, J:N.42, J:G.43, J:S.87, J:N.88, J:T.89, J:N.118, J:N.118, L:T.104, L:T.104 Water bridges: J:V.16, J:V.16, J:N.42, J:N.88, J:N.100, J:N.100 pi-Stacking: J:F.46 pi-Cation interactions: L:H.70 FMN.17: 23 residues within 4Å: Chain B: Q.54 Chain J: F.67, L.68, H.70, C.98, D.99, T.104 Chain K: C.13, G.14, S.15, V.16, S.40, N.42, G.43, F.46, T.86, S.87, N.88, T.89, N.118, M.119, M.123 Ligands: CL.15 23 PLIP interactions: 20 interactions with chain K, 3 interactions with chain J Hydrophobic interactions: K:F.46, J:F.67 Hydrogen bonds: K:G.14, K:G.14, K:S.40, K:N.42, K:G.43, K:T.86, K:S.87, K:N.88, K:T.89, K:T.89, K:N.118, K:N.118, J:T.104 Water bridges: K:V.16, K:V.16, K:N.42, K:N.88, K:N.100, K:N.100 pi-Stacking: K:F.46 pi-Cation interactions: J:H.70 FMN.18: 20 residues within 4Å: Chain K: F.67, L.68, H.70, C.98, D.99, T.104 Chain L: C.13, G.14, S.15, V.16, S.40, N.42, F.46, T.86, S.87, N.88, T.89, N.118, M.119, M.123 23 PLIP interactions: 5 interactions with chain K, 18 interactions with chain L Hydrophobic interactions: K:F.67, L:F.46 Hydrogen bonds: K:T.104, K:T.104, L:G.14, L:G.14, L:S.40, L:N.42, L:S.87, L:N.88, L:T.89, L:N.118, L:N.118 Water bridges: K:N.69, L:V.16, L:V.16, L:N.42, L:N.88, L:N.100, L:N.120, L:N.120 pi-Cation interactions: K:H.70 pi-Stacking: L:F.46

6 x CL: CHLORIDE ION(Non-functional Binders)

CL.2: 5 residues within 4Å: Chain A: H.70 Chain B: M.119, N.120, M.123 Ligands: FMN.4 Ligand excluded by PLIP CL.3: 5 residues within 4Å: Chain A: M.119, N.120, M.123 Chain C: H.70 Ligands: FMN.1 Ligand excluded by PLIP CL.7: 4 residues within 4Å: Chain D: H.70 Chain F: N.120, M.123 Ligands: FMN.10 Ligand excluded by PLIP CL.8: 4 residues within 4Å: Chain D: N.120, M.123 Chain E: H.70 Ligands: FMN.6 Ligand excluded by PLIP CL.15: 4 residues within 4Å: Chain J: H.70 Chain K: N.120, M.123 Ligands: FMN.17 Ligand excluded by PLIP CL.16: 4 residues within 4Å: Chain J: N.120, M.123 Chain L: H.70 Ligands: FMN.14 Ligand excluded by PLIP

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RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Osipiuk, J. et al., Epidermin biosynthesis protein EpiD from Staphylococcus aureus. To be Published

Release Date

2011-02-09

Peptides

Epidermin biosynthesis protein EpiD: ABCDEFGHIJKL

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

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Epidermin biosynthesis protein EpiD