SMTL ID : 4dn8.1

Structure of porcine surfactant protein D neck and carbohydrate recognition domain complexed with mannose

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.20 Å

Oligo State

homo-trimer

Ligands

6 x CA: CALCIUM ION(Non-covalent)

CA.1: 5 residues within 4Å: Chain A: D.95, E.99, N.122, E.130, N.131 3 PLIP interactions: 3 interactions with chain A Metal complexes: A:D.95, A:E.99, A:E.130 CA.2: 6 residues within 4Å: Chain A: E.119, N.121, E.130, N.142, D.143 Ligands: BMA.3 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain A Metal complexes: A:E.119, A:E.130, A:D.143, A:D.143 CA.4: 5 residues within 4Å: Chain B: D.95, E.99, N.122, E.130, N.131 3 PLIP interactions: 3 interactions with chain B Metal complexes: B:D.95, B:E.99, B:E.130 CA.5: 6 residues within 4Å: Chain B: E.119, N.121, E.130, N.142, D.143 Ligands: BMA.6 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain B Metal complexes: B:E.119, B:E.130, B:D.143, B:D.143 CA.7: 5 residues within 4Å: Chain C: D.95, E.99, N.122, E.130, N.131 3 PLIP interactions: 3 interactions with chain C Metal complexes: C:D.95, C:E.99, C:E.130 CA.8: 6 residues within 4Å: Chain C: E.119, N.121, E.130, N.142, D.143 Ligands: BMA.9 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain C Metal complexes: C:E.119, C:E.130, C:D.143, C:D.143

3 x BMA: beta-D-mannopyranose(Non-covalent)

BMA.3: 9 residues within 4Å: Chain A: E.119, N.121, N.123, G.124, E.130, N.142, D.143, K.144 Ligands: CA.2 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:N.121, A:E.130, A:N.142 Salt bridges: A:K.144 BMA.6: 9 residues within 4Å: Chain B: E.119, N.121, N.123, G.124, E.130, N.142, D.143, K.144 Ligands: CA.5 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:N.121, B:E.130, B:N.142 Salt bridges: B:K.144 BMA.9: 9 residues within 4Å: Chain C: E.119, N.121, N.123, G.124, E.130, N.142, D.143, K.144 Ligands: CA.8 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain C Hydrogen bonds: C:N.121, C:E.130, C:N.142 Salt bridges: C:K.144

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

van Eijk, M. et al., A Unique Sugar-binding Site Mediates the Distinct Anti-influenza Activity of Pig Surfactant Protein D. J.Biol.Chem. (2012)

Release Date

2012-06-20

Peptides

Pulmonary surfactant-associated protein D: ABC

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
A

C
A

Pulmonary surfactant-associated protein D