SMTL ID : 4gpk.2 (2 other biounits)

Crystal structure of NprR in complex with its cognate peptide NprX

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 3.20 Å

Oligo State

homo-tetramer

Ligands

4 x SER- SER- LYS- PRO- ASP- ILE- VAL- GLY: NprX peptide(Non-covalent)

SER-SER-LYS-PRO-ASP-ILE-VAL-GLY.1: 19 residues within 4Å: Chain A: L.27, M.65, R.67, G.131, Y.134, N.135, L.138, T.141, H.142, N.171, I.174, L.175, E.182, I.212, S.215, N.216, N.247, D.250, T.251 17 PLIP interactions: 17 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:Y.134, A:T.141, A:I.174 Hydrogen bonds: A:R.67, A:N.135, A:E.182, A:E.182, A:S.215, A:S.215, A:N.216, A:N.216, A:N.247, A:N.247, A:D.250, A:D.250 Salt bridges: A:R.67, A:R.67 SER-SER-LYS-PRO-ASP-ILE-VAL-GLY.2: 21 residues within 4Å: Chain B: L.27, M.65, R.67, L.100, L.104, G.131, Y.134, N.135, L.138, T.141, H.142, N.168, N.171, L.175, V.178, I.212, S.215, N.216, N.247, D.250, E.254 14 PLIP interactions: 14 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:L.100, B:L.104, B:L.138, B:L.138, B:T.141 Hydrogen bonds: B:N.135, B:S.215, B:S.215, B:N.216, B:N.216, B:N.247, B:N.247 Salt bridges: B:R.67, B:R.67 SER-SER-LYS-PRO-ASP-ILE-VAL-GLY.3: 22 residues within 4Å: Chain C: L.27, R.61, I.64, M.65, R.67, L.104, G.131, Y.134, N.135, L.138, T.141, H.142, N.171, I.174, L.175, I.212, S.215, N.216, N.247, D.250, T.251, E.254 19 PLIP interactions: 19 interactions with chain C Hydrophobic interactions: C:L.104, C:Y.134, C:L.138, C:T.141, C:N.171, C:I.174 Hydrogen bonds: C:R.61, C:Y.134, C:N.135, C:N.135, C:S.215, C:N.216, C:N.216, C:N.247, C:N.247, C:D.250, C:T.251 Salt bridges: C:R.67, C:R.67 SER-SER-LYS-PRO-ASP-ILE-VAL-GLY.4: 21 residues within 4Å: Chain D: L.27, M.65, R.67, L.100, L.104, Y.134, N.135, L.138, T.141, H.142, N.168, N.171, I.174, L.175, I.212, S.215, N.216, N.247, D.250, T.251, E.254 20 PLIP interactions: 20 interactions with chain D Hydrophobic interactions: D:L.104, D:Y.134, D:L.138, D:I.174 Hydrogen bonds: D:R.67, D:Y.134, D:N.135, D:N.135, D:S.215, D:N.216, D:N.216, D:N.216, D:N.247, D:N.247, D:D.250, D:T.251, D:E.254, D:E.254 Salt bridges: D:R.67, D:R.67

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Zouhir, S. et al., Peptide-binding dependent conformational changes regulate the transcriptional activity of the quorum-sensor NprR. Nucleic Acids Res. (2013)

Release Date

2013-07-03

Peptides

NprR: ABCD

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
E

B
F

C
G

D
H

NprR

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