SMTL ID : 4hp8.1

Crystal structure of a putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase from Agrobacterium Tumefaciens (target EFI-506435) with bound NADP

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.35 Å

Oligo State

homo-tetramer

Ligands

4 x NAP: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE(Non-covalent)

NAP.1: 29 residues within 4Å: Chain A: G.16, N.18, T.19, G.20, L.21, R.41, R.42, I.63, D.64, F.65, A.66, N.86, A.87, G.88, I.89, V.109, I.137, A.138, S.139, Y.152, K.156, P.182, G.183, Y.184, I.185, T.187, N.188, N.189, T.190 26 PLIP interactions: 26 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:P.182 Hydrogen bonds: A:G.16, A:N.18, A:N.18, A:L.21, A:R.41, A:D.64, A:F.65, A:A.66, A:N.86, A:G.88, A:K.156, A:I.185, A:I.185, A:T.187, A:T.187, A:N.188, A:N.188, A:N.189 Water bridges: A:G.22, A:R.42, A:N.86, A:N.189 Salt bridges: A:R.41, A:R.42 pi-Cation interactions: A:R.41 NAP.3: 27 residues within 4Å: Chain B: G.16, N.18, T.19, G.20, L.21, R.41, R.42, I.63, D.64, F.65, A.66, N.86, A.87, G.88, I.89, V.109, I.137, A.138, Y.152, K.156, P.182, G.183, Y.184, I.185, T.187, N.189, T.190 32 PLIP interactions: 32 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:P.182 Hydrogen bonds: B:G.16, B:N.18, B:L.21, B:R.41, B:D.64, B:D.64, B:F.65, B:A.66, B:N.86, B:G.88, B:K.156, B:I.185, B:I.185, B:N.189 Water bridges: B:N.18, B:G.22, B:G.22, B:R.41, B:R.41, B:R.41, B:R.41, B:R.41, B:R.41, B:R.42, B:G.88, B:I.89, B:N.189, B:N.189 Salt bridges: B:R.41, B:R.42 pi-Cation interactions: B:R.41 NAP.4: 29 residues within 4Å: Chain C: G.16, N.18, T.19, G.20, L.21, R.41, R.42, I.63, D.64, F.65, A.66, N.86, A.87, G.88, I.89, V.109, I.137, A.138, S.139, Y.152, K.156, P.182, G.183, Y.184, I.185, T.187, N.188, N.189, T.190 27 PLIP interactions: 27 interactions with chain C Hydrophobic interactions: C:P.182 Hydrogen bonds: C:G.16, C:N.18, C:N.18, C:L.21, C:R.41, C:D.64, C:D.64, C:F.65, C:A.66, C:N.86, C:G.88, C:Y.152, C:K.156, C:I.185, C:I.185, C:T.187, C:N.188, C:N.188, C:N.189, C:N.189 Water bridges: C:G.22, C:R.42, C:N.86 Salt bridges: C:R.41, C:R.42 pi-Cation interactions: C:R.41 NAP.6: 27 residues within 4Å: Chain D: G.16, N.18, T.19, G.20, L.21, R.41, R.42, I.63, D.64, F.65, A.66, N.86, A.87, G.88, I.89, V.109, I.137, A.138, Y.152, K.156, P.182, G.183, Y.184, I.185, T.187, N.189, T.190 33 PLIP interactions: 33 interactions with chain D Hydrophobic interactions: D:P.182 Hydrogen bonds: D:G.16, D:N.18, D:L.21, D:R.41, D:D.64, D:F.65, D:A.66, D:N.86, D:G.88, D:Y.152, D:K.156, D:I.185, D:I.185, D:T.187, D:N.189 Water bridges: D:N.18, D:G.22, D:G.22, D:R.41, D:R.41, D:R.41, D:R.41, D:R.41, D:R.41, D:R.42, D:G.88, D:I.89, D:N.189, D:N.189 Salt bridges: D:R.41, D:R.42 pi-Cation interactions: D:R.41

2 x ACT: ACETATE ION(Non-functional Binders)

ACT.2: 6 residues within 4Å: Chain A: I.90, R.92, L.141, V.149, Y.184, L.193 9 PLIP interactions: 9 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:I.90, A:L.141, A:Y.184 Water bridges: A:I.147, A:R.199, A:R.199, A:R.199 Salt bridges: A:R.92, A:R.199 ACT.5: 6 residues within 4Å: Chain C: I.90, R.92, L.141, V.149, Y.184, L.193 10 PLIP interactions: 10 interactions with chain C Hydrophobic interactions: C:I.90, C:L.141, C:Y.184 Hydrogen bonds: C:Y.184 Water bridges: C:I.147, C:R.199, C:R.199, C:R.199 Salt bridges: C:R.92, C:R.199

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Vetting, M.W. et al., Crystal structure of a putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase from Agrobacterium Tumefaciens (target EFI-506435) with bound NADP. To be Published

Release Date

2012-11-07

Peptides

2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase: ABCD

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

C
A

D
B

2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase