SMTL ID : 5c93.1

Histidine kinase with ATP

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.52 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x ACP: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER(Non-covalent)

ACP.1: 18 residues within 4Å: Chain A: N.141, N.145, K.148, Y.149, D.173, I.178, V.186, F.191, R.192, V.193, G.203, T.204, G.205, L.206, G.207, L.208, S.232, F.234 16 PLIP interactions: 16 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:N.141, A:N.145, A:K.148, A:Y.149, A:D.173, A:F.191, A:V.193, A:T.204, A:T.204, A:G.205, A:L.206, A:G.207, A:L.208, A:S.232 pi-Stacking: A:Y.149, A:Y.149 ACP.5: 23 residues within 4Å: Chain B: H.22, N.144, N.145, K.148, Y.149, D.173, L.176, G.177, I.178, V.186, F.191, R.192, V.193, R.197, G.203, T.204, G.205, L.206, G.207, L.208, S.232, F.234 Ligands: SO4.6 16 PLIP interactions: 16 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:H.22, B:N.144, B:N.145, B:Y.149, B:D.173, B:F.191, B:V.193, B:G.203, B:T.204, B:G.205, B:L.206, B:G.207, B:L.208, B:S.232 pi-Stacking: B:Y.149, B:Y.149

4 x SO4: SULFATE ION(Non-functional Binders)

SO4.2: 1 residues within 4Å: Chain A: S.18 1 PLIP interactions: 1 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:S.18 SO4.3: 4 residues within 4Å: Chain A: T.163, H.164, N.165, Q.166 5 PLIP interactions: 5 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:T.163, A:N.165, A:N.165, A:Q.166, A:Q.166 SO4.4: 4 residues within 4Å: Chain A: S.72, R.75, M.76, K.134 3 PLIP interactions: 3 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:S.72 Salt bridges: A:R.75, A:K.134 SO4.6: 7 residues within 4Å: Chain B: H.22, E.23, R.25, T.26, N.141, N.144 Ligands: ACP.5 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:T.26, B:T.26, B:T.26 Salt bridges: B:H.22

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Cai, Y. et al., Conformational dynamics of the essential sensor histidine kinase WalK. Acta Crystallogr D Struct Biol (2017)

Release Date

2016-07-27

Peptides

Histidine kinase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

Histidine kinase