SMTL ID : 5m62.2 (1 other biounit)

Structure of the Mus musclus Langerin carbohydrate recognition domain in complex with glucose

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.70 Å

Oligo State

homo-trimer

Ligands

3 x CA: CALCIUM ION(Non-covalent)

CA.1: 7 residues within 4Å: Chain A: E.98, N.100, E.106, N.120, D.121 Ligands: GLC.4, BGC.5 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain A Metal complexes: A:E.98, A:E.106, A:D.121, A:D.121 CA.7: 7 residues within 4Å: Chain B: E.98, N.100, E.106, N.120, D.121 Ligands: GLC.10, BGC.11 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain B Metal complexes: B:E.98, B:E.106, B:D.121, B:D.121 CA.13: 7 residues within 4Å: Chain C: E.98, N.100, E.106, N.120, D.121 Ligands: GLC.16, BGC.17 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain C Metal complexes: C:E.98, C:E.106, C:D.121, C:D.121

6 x GOL: GLYCEROL(Non-functional Binders)

GOL.2: 8 residues within 4Å: Chain A: D.60 Chain B: Y.21, S.23, R.24, T.25, K.27, F.35, F.130 6 PLIP interactions: 6 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:R.24, B:T.25, B:T.25, B:T.25, B:K.27, B:K.27 GOL.3: 9 residues within 4Å: Chain A: N.110, R.112, N.120, G.122, N.126, F.128 Ligands: GLC.4, BGC.5, P6G.6 3 PLIP interactions: 3 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:N.110, A:N.110, A:N.126 GOL.8: 8 residues within 4Å: Chain B: D.60 Chain C: Y.21, S.23, R.24, T.25, K.27, F.35, F.130 5 PLIP interactions: 5 interactions with chain C Hydrogen bonds: C:R.24, C:T.25, C:T.25, C:K.27, C:K.27 GOL.9: 9 residues within 4Å: Chain B: N.110, R.112, N.120, G.122, N.126, F.128 Ligands: GLC.10, BGC.11, P6G.12 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:N.110, B:N.110, B:N.120, B:N.126 GOL.14: 8 residues within 4Å: Chain A: Y.21, S.23, R.24, T.25, K.27, F.35, F.130 Chain C: D.60 5 PLIP interactions: 5 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:R.24, A:T.25, A:T.25, A:K.27, A:K.27 GOL.15: 9 residues within 4Å: Chain C: N.110, R.112, N.120, G.122, N.126, F.128 Ligands: GLC.16, BGC.17, P6G.18 3 PLIP interactions: 3 interactions with chain C Hydrogen bonds: C:N.110, C:N.110, C:N.126

3 x GLC: alpha-D-glucopyranose(Non-covalent)

GLC.4: 9 residues within 4Å: Chain A: E.98, N.100, E.106, R.112, N.120, D.121 Ligands: CA.1, GOL.3, BGC.5 6 PLIP interactions: 6 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:N.100, A:E.106, A:N.120, A:N.120 Water bridges: A:E.106 Salt bridges: A:R.112 GLC.10: 9 residues within 4Å: Chain B: E.98, N.100, E.106, R.112, N.120, D.121 Ligands: CA.7, GOL.9, BGC.11 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:N.100, B:E.106, B:N.120 Salt bridges: B:R.112 GLC.16: 9 residues within 4Å: Chain C: E.98, N.100, E.106, R.112, N.120, D.121 Ligands: CA.13, GOL.15, BGC.17 5 PLIP interactions: 5 interactions with chain C Hydrogen bonds: C:N.100, C:E.106, C:N.120, C:N.120 Salt bridges: C:R.112

3 x BGC: beta-D-glucopyranose(Non-covalent)

BGC.5: 9 residues within 4Å: Chain A: E.98, N.100, E.106, R.112, N.120, D.121 Ligands: CA.1, GOL.3, GLC.4 7 PLIP interactions: 7 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:N.100, A:E.106, A:E.106, A:N.120, A:N.120 Water bridges: A:E.106 Salt bridges: A:R.112 BGC.11: 9 residues within 4Å: Chain B: E.98, N.100, E.106, R.112, N.120, D.121 Ligands: CA.7, GOL.9, GLC.10 5 PLIP interactions: 5 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:N.100, B:E.106, B:E.106, B:N.120 Salt bridges: B:R.112 BGC.17: 9 residues within 4Å: Chain C: E.98, N.100, E.106, R.112, N.120, D.121 Ligands: CA.13, GOL.15, GLC.16 6 PLIP interactions: 6 interactions with chain C Hydrogen bonds: C:N.100, C:E.106, C:E.106, C:N.120, C:N.120 Salt bridges: C:R.112

3 x P6G: HEXAETHYLENE GLYCOL(Non-functional Binders)

P6G.6: 5 residues within 4Å: Chain A: D.125, N.126, T.127, F.128 Ligands: GOL.3 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:T.127 Water bridges: A:N.126, A:N.126, A:N.126 P6G.12: 5 residues within 4Å: Chain B: D.125, N.126, T.127, F.128 Ligands: GOL.9 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:T.127 Water bridges: B:N.126, B:N.126, B:N.126 P6G.18: 5 residues within 4Å: Chain C: D.125, N.126, T.127, F.128 Ligands: GOL.15 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain C Hydrogen bonds: C:T.127 Water bridges: C:N.126, C:N.126, C:N.126

Links

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Citation

Hanske, J. et al., Bacterial Polysaccharide Specificity of the Pattern Recognition Receptor Langerin Is Highly Species-dependent. J. Biol. Chem. (2017)

Release Date

2016-12-07

Peptides

C-type lectin domain family 4 member K: ABC

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
B

B
B

C
B

C-type lectin domain family 4 member K

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