SMTL ID : 5mfi.1

Designed armadillo repeat protein YIII(Dq.V2)4CqI in complex with peptide (KR)4

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.45 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x LYS- ARG- LYS- ARG- LYS- ARG- LYS- ARG: (KR)4(Non-covalent)

LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG.1: 27 residues within 4Å: Chain A: S.75, G.76, N.77, N.78, I.81, N.114, A.116, S.117, G.118, N.119, N.120, I.123, E.149, W.152, N.156, A.158, S.159, G.160, N.161, N.162, I.165, W.194, N.198, S.201, G.202, N.233 Ligands: LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG.2 26 PLIP interactions: 26 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:W.152, A:W.152, A:W.194 Hydrogen bonds: A:N.78, A:N.78, A:N.114, A:S.117, A:G.118, A:E.149, A:N.156, A:N.156, A:S.159, A:S.159, A:G.160, A:N.198, A:N.198, A:S.201 Water bridges: A:N.36, A:S.75, A:S.75, A:N.120, A:N.162, A:S.201, A:S.201, A:E.229, A:N.233 LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG.2: 25 residues within 4Å: Chain A: E.65, W.68, E.103, W.110, E.145, E.149 Chain B: G.118, N.119, N.120, I.123, S.159, G.160, N.161, N.162, I.165, E.191, W.194, A.197, N.198, S.201, G.202, E.229, N.233 Ligands: LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG.1, LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG.1 22 PLIP interactions: 16 interactions with chain B, 6 interactions with chain A Hydrophobic interactions: B:W.194, A:W.68, A:W.110 Hydrogen bonds: B:N.120, B:G.160, B:N.162, B:N.198, B:N.198, B:N.233, A:E.65, A:N.72, A:W.110 Water bridges: B:N.156, B:S.159, B:S.159, B:N.162, B:Q.190, B:N.233 Salt bridges: B:E.191, B:E.229, A:E.145 pi-Cation interactions: B:W.194

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Hansen, S. et al., Curvature of designed armadillo repeat proteins allows modular peptide binding. J. Struct. Biol. (2018)

Release Date

2017-09-13

Peptides

YIII(Dq.V2)4CqI: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

YIII(Dq.V2)4CqI

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