SMTL ID : 5odv.1

Structure of Watermelon mosaic virus potyvirus.

Coordinates

PDB Format Compare

Method

ELECTRON MICROSCOPY

Oligo State

homo-24-mer

Ligands

24 x U- U- U- U- U: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')(Non-covalent)

U-U-U-U-U.1: 23 residues within 4Å: Chain A: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Chain I: D.205, E.207, R.225 Chain J: E.207 Ligands: U-U-U-U-U.2 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.2: 28 residues within 4Å: Chain A: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain B: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Chain J: D.205, E.207, R.225 Chain K: E.207 Ligands: U-U-U-U-U.1, U-U-U-U-U.3 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.3: 28 residues within 4Å: Chain B: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain C: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Chain K: D.205, E.207, R.225 Chain L: E.207 Ligands: U-U-U-U-U.2, U-U-U-U-U.4 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.4: 28 residues within 4Å: Chain C: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain D: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Chain L: D.205, E.207, R.225 Chain M: E.207 Ligands: U-U-U-U-U.3, U-U-U-U-U.5 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.5: 28 residues within 4Å: Chain D: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain E: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Chain M: D.205, E.207, R.225 Chain N: E.207 Ligands: U-U-U-U-U.4, U-U-U-U-U.6 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.6: 28 residues within 4Å: Chain E: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain F: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Chain N: D.205, E.207, R.225 Chain O: E.207 Ligands: U-U-U-U-U.5, U-U-U-U-U.7 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.7: 28 residues within 4Å: Chain F: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain G: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Chain O: D.205, E.207, R.225 Chain P: E.207 Ligands: U-U-U-U-U.6, U-U-U-U-U.8 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.8: 28 residues within 4Å: Chain G: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain H: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Chain P: D.205, E.207, R.225 Chain Q: E.207 Ligands: U-U-U-U-U.7, U-U-U-U-U.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.9: 29 residues within 4Å: Chain A: N.251 Chain H: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain I: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Chain Q: D.205, E.207, R.225 Chain R: E.207 Ligands: U-U-U-U-U.8, U-U-U-U-U.10 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.10: 29 residues within 4Å: Chain B: N.251 Chain I: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain J: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Chain R: D.205, E.207, R.225 Chain S: E.207 Ligands: U-U-U-U-U.9, U-U-U-U-U.11 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.11: 29 residues within 4Å: Chain C: N.251 Chain J: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain K: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Chain S: D.205, E.207, R.225 Chain T: E.207 Ligands: U-U-U-U-U.10, U-U-U-U-U.12 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.12: 29 residues within 4Å: Chain D: N.251 Chain K: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain L: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Chain T: D.205, E.207, R.225 Chain U: E.207 Ligands: U-U-U-U-U.11, U-U-U-U-U.13 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.13: 29 residues within 4Å: Chain E: N.251 Chain L: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain M: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Chain U: D.205, E.207, R.225 Chain V: E.207 Ligands: U-U-U-U-U.12, U-U-U-U-U.14 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.14: 29 residues within 4Å: Chain F: N.251 Chain M: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain N: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Chain V: D.205, E.207, R.225 Chain W: E.207 Ligands: U-U-U-U-U.13, U-U-U-U-U.15 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.15: 29 residues within 4Å: Chain G: N.251 Chain N: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain O: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Chain W: D.205, E.207, R.225 Chain X: E.207 Ligands: U-U-U-U-U.14, U-U-U-U-U.16 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.16: 28 residues within 4Å: Chain H: N.251 Chain O: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain P: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Chain X: D.205, E.207, R.225 Ligands: U-U-U-U-U.15, U-U-U-U-U.17 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.17: 25 residues within 4Å: Chain I: N.251 Chain P: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain Q: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Ligands: U-U-U-U-U.16, U-U-U-U-U.18 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.18: 25 residues within 4Å: Chain J: N.251 Chain Q: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain R: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Ligands: U-U-U-U-U.17, U-U-U-U-U.19 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.19: 25 residues within 4Å: Chain K: N.251 Chain R: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain S: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Ligands: U-U-U-U-U.18, U-U-U-U-U.20 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.20: 25 residues within 4Å: Chain L: N.251 Chain S: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain T: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Ligands: U-U-U-U-U.19, U-U-U-U-U.21 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.21: 25 residues within 4Å: Chain M: N.251 Chain T: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain U: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Ligands: U-U-U-U-U.20, U-U-U-U-U.22 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.22: 25 residues within 4Å: Chain N: N.251 Chain U: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain V: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Ligands: U-U-U-U-U.21, U-U-U-U-U.23 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.23: 25 residues within 4Å: Chain O: N.251 Chain V: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain W: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Ligands: U-U-U-U-U.22, U-U-U-U-U.24 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.24: 24 residues within 4Å: Chain P: N.251 Chain W: N.135, G.136, R.196, L.200 Chain X: T.96, N.135, G.136, S.138, P.139, D.140, V.141, T.168, R.170, Q.171, Y.197, L.200, R.201, D.214, K.234, A.237, L.238, I.241 Ligands: U-U-U-U-U.23 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Zamora, M. et al., Potyvirus virion structure shows conserved protein fold and RNA binding site in ssRNA viruses. Sci Adv (2017)

Release Date

2017-09-27

Peptides

coat protein: ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWX

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

C
C

D
D

E
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F

G
G

H
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I
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J
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K
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X
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coat protein