SMTL ID : 5u18.1

Crystal structure of a methyltransferase involved in the biosynthesis of gentamicin in complex with the Geneticin

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.19 Å

Oligo State

monomer

Ligands

1 x SAH: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE(Non-covalent)

SAH.1: 18 residues within 4Å: Chain A: D.107, G.131, C.132, G.133, V.136, L.137, D.152, V.153, N.154, G.178, D.179, M.180, N.194, P.196, L.207, L.208, I.214 Ligands: GET.2 12 PLIP interactions: 12 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:G.131, A:G.131, A:G.133, A:V.153, A:D.179, A:M.180, A:N.194 Water bridges: A:D.107, A:L.109, A:G.135, A:N.154, A:N.154

1 x GET: GENETICIN(Non-covalent)

GET.2: 17 residues within 4Å: Chain A: D.95, V.96, E.97, E.98, Q.101, D.107, W.110, E.111, N.194, S.195, P.196, T.197, N.198, L.208, N.235, R.281 Ligands: SAH.1 18 PLIP interactions: 18 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:W.110, A:L.208 Hydrogen bonds: A:V.96, A:E.98, A:Q.101, A:E.111, A:E.111, A:E.111, A:S.195, A:S.195, A:T.197, A:N.235 Water bridges: A:D.95, A:N.194, A:N.194, A:R.281, A:R.281 Salt bridges: A:R.281

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Bury, P.D.S. et al., Structural Basis of the Selectivity of GenN, an Aminoglycoside N-Methyltransferase Involved in Gentamicin Biosynthesis. ACS Chem. Biol. (2017)

Release Date

2017-11-01

Peptides

N-3'' methyltransferase: A

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

N-3'' methyltransferase