SMTL ID : 6t34.1

Atomic model for Turnip mosaic virus (TuMV)

Coordinates

PDB Format

Method

ELECTRON MICROSCOPY

Oligo State

homo-19-mer

Ligands

19 x U- U- U- U- U: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')(Non-covalent)

U-U-U-U-U.1: 18 residues within 4Å: Chain A: G.79, S.81, N.83, I.84, T.111, R.113, Q.114, Y.140, R.144, K.177, A.180, L.181, A.184, N.186 Chain I: N.194 Chain B: R.139, Q.143 Ligands: U-U-U-U-U.2 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.2: 19 residues within 4Å: Chain C: R.139, Q.143 Chain B: G.79, S.81, N.83, I.84, T.111, R.113, Q.114, Y.140, R.144, K.177, A.180, L.181, A.184, N.186 Ligands: U-U-U-U-U.1, U-U-U-U-U.3 Chain J: N.194 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.3: 19 residues within 4Å: Chain K: N.194 Chain C: G.79, S.81, N.83, I.84, T.111, R.113, Q.114, Y.140, R.144, K.177, A.180, L.181, A.184, N.186 Chain D: R.139, Q.143 Ligands: U-U-U-U-U.2, U-U-U-U-U.4 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.4: 19 residues within 4Å: Chain E: R.139, Q.143 Chain D: G.79, S.81, N.83, I.84, T.111, R.113, Q.114, Y.140, R.144, K.177, A.180, L.181, A.184, N.186 Ligands: U-U-U-U-U.3, U-U-U-U-U.5 Chain L: N.194 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.5: 19 residues within 4Å: Chain M: N.194 Chain E: G.79, S.81, N.83, I.84, T.111, R.113, Q.114, Y.140, R.144, K.177, A.180, L.181, A.184, N.186 Ligands: U-U-U-U-U.4, U-U-U-U-U.6 Chain F: R.139, Q.143 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.6: 19 residues within 4Å: Chain N: N.194 Ligands: U-U-U-U-U.5, U-U-U-U-U.7 Chain G: R.139, Q.143 Chain F: G.79, S.81, N.83, I.84, T.111, R.113, Q.114, Y.140, R.144, K.177, A.180, L.181, A.184, N.186 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.7: 19 residues within 4Å: Ligands: U-U-U-U-U.6, U-U-U-U-U.8 Chain H: R.139, Q.143 Chain O: N.194 Chain G: G.79, S.81, N.83, I.84, T.111, R.113, Q.114, Y.140, R.144, K.177, A.180, L.181, A.184, N.186 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.8: 19 residues within 4Å: Chain I: R.139, Q.143 Chain H: G.79, S.81, N.83, I.84, T.111, R.113, Q.114, Y.140, R.144, K.177, A.180, L.181, A.184, N.186 Ligands: U-U-U-U-U.7, U-U-U-U-U.9 Chain P: N.194 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.9: 19 residues within 4Å: Chain I: G.79, S.81, N.83, I.84, T.111, R.113, Q.114, Y.140, R.144, K.177, A.180, L.181, A.184, N.186 Chain Q: N.194 Chain J: R.139, Q.143 Ligands: U-U-U-U-U.8, U-U-U-U-U.10 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.10: 19 residues within 4Å: Chain R: N.194 Chain K: R.139, Q.143 Chain J: G.79, S.81, N.83, I.84, T.111, R.113, Q.114, Y.140, R.144, K.177, A.180, L.181, A.184, N.186 Ligands: U-U-U-U-U.9, U-U-U-U-U.11 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.11: 19 residues within 4Å: Chain S: N.194 Chain K: G.79, S.81, N.83, I.84, T.111, R.113, Q.114, Y.140, R.144, K.177, A.180, L.181, A.184, N.186 Chain L: R.139, Q.143 Ligands: U-U-U-U-U.10, U-U-U-U-U.12 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.12: 18 residues within 4Å: Chain M: R.139, Q.143 Chain L: G.79, S.81, N.83, I.84, T.111, R.113, Q.114, Y.140, R.144, K.177, A.180, L.181, A.184, N.186 Ligands: U-U-U-U-U.11, U-U-U-U-U.13 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.13: 18 residues within 4Å: Chain M: G.79, S.81, N.83, I.84, T.111, R.113, Q.114, Y.140, R.144, K.177, A.180, L.181, A.184, N.186 Ligands: U-U-U-U-U.12, U-U-U-U-U.14 Chain N: R.139, Q.143 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.14: 18 residues within 4Å: Ligands: U-U-U-U-U.13, U-U-U-U-U.15 Chain O: R.139, Q.143 Chain N: G.79, S.81, N.83, I.84, T.111, R.113, Q.114, Y.140, R.144, K.177, A.180, L.181, A.184, N.186 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.15: 18 residues within 4Å: Chain P: R.139, Q.143 Ligands: U-U-U-U-U.14, U-U-U-U-U.16 Chain O: G.79, S.81, N.83, I.84, T.111, R.113, Q.114, Y.140, R.144, K.177, A.180, L.181, A.184, N.186 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.16: 18 residues within 4Å: Chain Q: R.139, Q.143 Chain P: G.79, S.81, N.83, I.84, T.111, R.113, Q.114, Y.140, R.144, K.177, A.180, L.181, A.184, N.186 Ligands: U-U-U-U-U.15, U-U-U-U-U.17 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.17: 18 residues within 4Å: Chain Q: G.79, S.81, N.83, I.84, T.111, R.113, Q.114, Y.140, R.144, K.177, A.180, L.181, A.184, N.186 Chain R: R.139, Q.143 Ligands: U-U-U-U-U.16, U-U-U-U-U.18 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.18: 18 residues within 4Å: Chain S: R.139, Q.143 Chain R: G.79, S.81, N.83, I.84, T.111, R.113, Q.114, Y.140, R.144, K.177, A.180, L.181, A.184, N.186 Ligands: U-U-U-U-U.17, U-U-U-U-U.19 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.19: 15 residues within 4Å: Chain S: G.79, S.81, N.83, I.84, T.111, R.113, Q.114, Y.140, R.144, K.177, A.180, L.181, A.184, N.186 Ligands: U-U-U-U-U.18 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available

Links

RCSB   PDBe   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Cuesta, R. et al., Structure of Turnip mosaic virus and its viral-like particles. Sci Rep (2019)

Release Date

2019-11-13

Peptides

Coat protein: ABCDEFGHIJKLMNOPQRS

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
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Coat protein