SMTL ID : 7ny7.1

Crystal structure of the Capsaspora owczarzaki macroH2A macrodomain in complex with ADP-ribose

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.00 Å

Oligo State

monomer

Ligands

3 x EDO: 1,2-ETHANEDIOL(Non-functional Binders)

EDO.1: 6 residues within 4Å: Chain A: N.60, N.120, N.159, N.160, H.161 Ligands: APR.3 2 PLIP interactions: 2 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:N.159, A:N.160 EDO.2: 3 residues within 4Å: Chain A: P.163, K.164, H.165 3 PLIP interactions: 3 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:K.164, A:H.165 Water bridges: A:K.164 EDO.4: 6 residues within 4Å: Chain A: S.154, S.157, K.164, L.194, F.195 Ligands: APR.3 1 PLIP interactions: 1 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:F.195

1 x APR: ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE(Non-covalent)

APR.3: 28 residues within 4Å: Chain A: G.45, D.46, L.47, T.48, P.58, T.59, N.60, S.64, A.66, G.67, Q.68, V.69, G.70, A.72, S.118, P.153, S.154, I.155, G.156, S.157, G.158, N.159, N.160, K.164, V.193, F.195 Ligands: EDO.1, EDO.4 27 PLIP interactions: 27 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:D.46, A:L.47, A:T.59, A:N.60, A:S.64, A:G.67, A:Q.68, A:Q.68, A:Q.68, A:V.69, A:S.118, A:G.156, A:S.157, A:G.158, A:N.159, A:N.159, A:N.159, A:N.160, A:N.160 Water bridges: A:N.60, A:G.70, A:G.70, A:S.154, A:N.160, A:K.164 pi-Stacking: A:F.195, A:F.195

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Guberovic, I. et al., Evolution of a histone variant involved in compartmental regulation of NAD metabolism. Nat.Struct.Mol.Biol. (2021)

Release Date

2021-11-24

Peptides

Histone macroH2A1.1: A

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

Histone macroH2A1.1

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