SMTL ID : 7t5k.1

E. coli dihydroorotate dehydrogenase bound to the inhibitor HQNO

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.25 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x FMN: FLAVIN MONONUCLEOTIDE(Non-covalent)

FMN.1: 25 residues within 4Å: Chain A: A.93, A.94, G.95, K.98, G.117, T.118, L.132, L.141, N.143, N.171, N.204, K.249, T.277, N.278, T.279, S.299, G.300, L.303, V.327, G.328, G.329, I.349, Y.350, S.351 Ligands: ORO.3 18 PLIP interactions: 18 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:L.132, A:L.141, A:N.143 Hydrogen bonds: A:A.94, A:T.118, A:T.118, A:N.171, A:K.249, A:K.249, A:N.278, A:G.300, A:G.329, A:Y.350, A:S.351 Water bridges: A:G.328, A:I.330, A:G.352 pi-Stacking: A:Y.350 FMN.5: 23 residues within 4Å: Chain B: A.94, G.95, K.98, G.117, T.118, L.132, L.141, N.143, N.171, N.204, K.249, T.277, N.278, T.279, S.299, G.300, L.303, G.328, G.329, I.349, Y.350, S.351 Ligands: ORO.6 19 PLIP interactions: 19 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:L.132, B:L.141, B:N.143 Hydrogen bonds: B:K.98, B:T.118, B:T.118, B:N.171, B:N.204, B:K.249, B:K.249, B:N.278, B:G.300, B:G.329, B:Y.350, B:S.351 Water bridges: B:G.328, B:G.328, B:G.352 pi-Stacking: B:Y.350

2 x HQO: 2-HEPTYL-4-HYDROXY QUINOLINE N-OXIDE(Non-covalent)

HQO.2: 14 residues within 4Å: Chain A: Y.35, L.42, F.43, P.47, A.50, H.51, T.54, L.96, L.132, R.134, L.141, Y.350, F.353, I.354 12 PLIP interactions: 12 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:Y.35, A:L.42, A:P.47, A:A.50, A:L.132, A:L.141, A:Y.350, A:F.353, A:F.353, A:I.354, A:I.354 Hydrogen bonds: A:R.134 HQO.4: 11 residues within 4Å: Chain B: Y.35, F.43, P.47, H.51, T.54, L.96, L.132, R.134, L.141, F.353, I.354 7 PLIP interactions: 7 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:T.54, B:L.132, B:L.141, B:F.353, B:I.354 Hydrogen bonds: B:H.51, B:R.134

2 x ORO: OROTIC ACID(Non-covalent)

ORO.3: 13 residues within 4Å: Chain A: K.98, N.143, R.144, M.145, G.146, F.147, N.204, S.207, P.208, N.209, N.278, T.279 Ligands: FMN.1 12 PLIP interactions: 12 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:F.147 Hydrogen bonds: A:N.143, A:N.143, A:G.146, A:F.147, A:N.204, A:S.207, A:N.209, A:N.278, A:N.278 Water bridges: A:N.209 Salt bridges: A:K.98 ORO.6: 11 residues within 4Å: Chain B: K.98, N.143, M.145, G.146, F.147, N.204, S.207, N.209, N.278, T.279 Ligands: FMN.5 11 PLIP interactions: 11 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:F.147 Hydrogen bonds: B:N.143, B:N.143, B:G.146, B:F.147, B:N.204, B:S.207, B:N.209, B:N.278, B:N.278 Salt bridges: B:K.98

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Horwitz, S.M. et al., Structural insights into inhibition of the drug target dihydroorotate dehydrogenase by bacterial hydroxyalkylquinolines. Rsc Chem Biol (2022)

Release Date

2022-03-02

Peptides

Dihydroorotate dehydrogenase (quinone): AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

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