SMTL ID : 7vtg.1 (1 other biounit)

Pseudouridine bound structure of Pseudouridine kinase (PUKI) S30A mutant from Escherichia coli strain B

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.90 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x FJF: 5-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-1~{H}-pyrimidine-2,4-dione(Non-covalent)

FJF.1: 16 residues within 4Å: Chain A: S.12, N.14, D.16, G.40, G.41, V.42, N.45, Y.97, N.112, M.114, N.143, V.166, K.170, T.252, D.256, T.292 11 PLIP interactions: 11 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:S.12, A:N.14, A:G.41, A:V.42, A:N.45, A:N.112, A:N.143, A:N.143 Water bridges: A:Y.97, A:D.256, A:D.256 FJF.2: 15 residues within 4Å: Chain B: S.12, N.14, D.16, G.40, G.41, V.42, N.45, Y.97, N.112, M.114, N.143, V.166, K.170, T.252, D.256 9 PLIP interactions: 9 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:S.12, B:N.14, B:G.41, B:V.42, B:N.45, B:N.112, B:N.143, B:N.143 Water bridges: B:K.170

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Kim, S.H. et al., Substrate-binding loop interactions with pseudouridine trigger conformational changes that promote catalytic efficiency of pseudouridine kinase PUKI. J.Biol.Chem. (2022)

Release Date

2022-04-06

Peptides

Pseudouridine kinase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

Pseudouridine kinase

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