SMTL ID : 7vva.1 (3 other biounits)

Pseudouridine bound structure of Pseudouridine kinase (PUKI) from Escherichia coli strain B

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.75 Å

Oligo State

homo-heptamer

Ligands

4 x FJF: 5-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-1~{H}-pyrimidine-2,4-dione(Non-covalent)

FJF.1: 16 residues within 4Å: Chain A: N.14, D.16, G.40, G.41, V.42, N.45, Y.97, N.112, M.114, N.143, V.166, S.167, K.170, T.252, G.253, D.256 8 PLIP interactions: 8 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:N.14, A:G.41, A:V.42, A:N.45, A:N.143, A:N.143, A:S.167, A:G.253 FJF.2: 16 residues within 4Å: Chain B: N.14, D.16, G.40, G.41, V.42, N.45, Y.97, N.112, M.114, N.143, V.166, K.170, T.252, G.253, D.256 Chain G: S.30 9 PLIP interactions: 7 interactions with chain B, 2 interactions with chain G Hydrogen bonds: B:N.14, B:G.41, B:V.42, B:N.45, B:N.143, B:N.143, B:G.253, G:S.30, G:S.30 FJF.3: 15 residues within 4Å: Chain C: S.12, N.14, D.16, G.40, G.41, V.42, N.45, Y.97, N.112, M.114, N.143, V.166, K.170, G.253, D.256 9 PLIP interactions: 9 interactions with chain C Hydrogen bonds: C:S.12, C:N.14, C:G.41, C:V.42, C:N.45, C:N.143, C:N.143, C:K.170, C:G.253 FJF.4: 16 residues within 4Å: Chain D: S.12, N.14, D.16, G.40, G.41, V.42, N.45, Y.97, N.112, M.114, N.143, V.166, K.170, T.252, D.256, T.292 8 PLIP interactions: 8 interactions with chain D Hydrogen bonds: D:S.12, D:N.14, D:G.41, D:V.42, D:N.45, D:N.143, D:N.143, D:G.253

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Kim, S.H. et al., Substrate-binding loop interactions with pseudouridine trigger conformational changes that promote catalytic efficiency of pseudouridine kinase PUKI. J.Biol.Chem. (2022)

Release Date

2022-04-06

Peptides

Pseudouridine kinase: ABCDEFG

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

C
C

D
D

E
E

F
F

G
G

Pseudouridine kinase

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