SMTL ID : 8dw8.1

Host-guest structure of BLMA2 partially bound to 5'-ATTAGTTATAACTAAT-3

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.58 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x DA- DT- DT- DA- DG- DT- DT: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*A)-3')(Non-covalent)

DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1: 15 residues within 4Å: Chain A: Y.45, L.80, D.95, R.97, K.101 Ligands: DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, BLM.3, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.5 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.4: 15 residues within 4Å: Chain B: Y.45, L.80, D.95, R.97, K.101 Ligands: DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.5, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.5, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.5, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.5, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.5, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.5, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.5, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.5, BLM.6 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available

2 x DT- DA- DA- DC- DT- DA- DA- DT: DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*CP*TP*AP*AP*T)-3')(Non-covalent)

DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2: 20 residues within 4Å: Chain A: L.80, V.93, Q.94, D.95, L.96, R.97, N.100, G.172 Ligands: DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, BLM.3, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.4, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.5, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.5, BLM.6 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.5: 20 residues within 4Å: Chain B: L.80, V.93, Q.94, D.95, L.96, R.97, N.100, G.172 Ligands: DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, BLM.3, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.4, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.4, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.4, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.4, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.4, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.4, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.4, BLM.6 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available

2 x BLM: BLEOMYCIN A2(Non-functional Binders)

BLM.3: 6 residues within 4Å: Ligands: DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.5 No protein-ligand interaction detected (PLIP) BLM.6: 6 residues within 4Å: Ligands: DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.4, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.4, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.5, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.5, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.5 No protein-ligand interaction detected (PLIP)

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Goodwin, K.D. et al., Two distinct rotations of bithiazole DNA intercalation revealed by direct comparison of crystal structures of Co(III)•bleomycin A 2 and B 2 bound to duplex 5'-TAGTT sites. Bioorg.Med.Chem. (2023)

Release Date

2023-01-11

Peptides

reverse transcriptase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
A

reverse transcriptase

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