SMTL ID : 8dwm.1

Host-guest complex of bleomycin A2 fully bound to CTTAGTTATAACTAAG

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.99 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x DC- DT- DT- DA- DG- DT- DT: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*A)-3')(Non-covalent)

DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1: 14 residues within 4Å: Chain A: Y.45, L.80, R.97, K.101 Ligands: DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2, BLM.4, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5: 14 residues within 4Å: Chain B: Y.45, L.80, R.97, K.101 Ligands: DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6, BLM.8 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available

2 x DT- DA- DA- DC- DT- DA- DA- DG: DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*CP*TP*AP*AP*G)-3')(Non-covalent)

DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2: 20 residues within 4Å: Chain A: L.80, V.93, Q.94, D.95, L.96, R.97, N.100, G.172 Ligands: DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, BLM.4, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6, BLM.8 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6: 20 residues within 4Å: Chain B: L.80, V.93, Q.94, D.95, L.96, R.97, N.100, G.172 Ligands: DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2, BLM.4, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, BLM.8 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available

2 x 3CO: COBALT (III) ION(Non-functional Binders)

3CO.3: 1 residues within 4Å: Ligands: BLM.4 No protein-ligand interaction detected (PLIP) 3CO.7: 1 residues within 4Å: Ligands: BLM.8 No protein-ligand interaction detected (PLIP)

2 x BLM: BLEOMYCIN A2(Non-functional Binders)

BLM.4: 13 residues within 4Å: Ligands: DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2, 3CO.3, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6 No protein-ligand interaction detected (PLIP) BLM.8: 13 residues within 4Å: Ligands: DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.2, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DC-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DG.6, 3CO.7 No protein-ligand interaction detected (PLIP)

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Goodwin, K.D. et al., Two distinct rotations of bithiazole DNA intercalation revealed by direct comparison of crystal structures of Co(III)•bleomycin A 2 and B 2 bound to duplex 5'-TAGTT sites. Bioorg.Med.Chem. (2023)

Release Date

2023-01-11

Peptides

reverse transcriptase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
A

reverse transcriptase

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