SMTL ID : 8f9k.1

TMEM106B doublet filaments extracted from MSTD neurodegenerative human brain

Coordinates

PDB Format Compare

Method

ELECTRON MICROSCOPY

Oligo State

homo-hexamer

Ligands

24 x NAG: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose(Post Translational Modification)

NAG.1: 3 residues within 4Å: Chain A: N.151 Ligands: NAG.5, NAG.9 Ligand excluded by PLIP NAG.2: 4 residues within 4Å: Chain A: L.144, N.145 Ligands: NAG.6, NAG.10 Ligand excluded by PLIP NAG.3: 5 residues within 4Å: Chain A: N.164, T.166 Chain B: N.164 Ligands: NAG.7, NAG.11 Ligand excluded by PLIP NAG.4: 4 residues within 4Å: Chain A: N.182, N.183 Ligands: NAG.8, NAG.12 Ligand excluded by PLIP NAG.5: 2 residues within 4Å: Chain B: N.151 Ligands: NAG.1 Ligand excluded by PLIP NAG.6: 3 residues within 4Å: Chain B: L.144, N.145 Ligands: NAG.2 Ligand excluded by PLIP NAG.7: 3 residues within 4Å: Chain B: N.164, T.166 Ligands: NAG.3 Ligand excluded by PLIP NAG.8: 3 residues within 4Å: Chain B: N.182, N.183 Ligands: NAG.4 Ligand excluded by PLIP NAG.9: 2 residues within 4Å: Chain C: N.151 Ligands: NAG.1 Ligand excluded by PLIP NAG.10: 3 residues within 4Å: Chain C: L.144, N.145 Ligands: NAG.2 Ligand excluded by PLIP NAG.11: 4 residues within 4Å: Chain A: N.164 Chain C: N.164, T.166 Ligands: NAG.3 Ligand excluded by PLIP NAG.12: 3 residues within 4Å: Chain C: N.182, N.183 Ligands: NAG.4 Ligand excluded by PLIP NAG.13: 3 residues within 4Å: Chain D: N.151 Ligands: NAG.17, NAG.21 Ligand excluded by PLIP NAG.14: 4 residues within 4Å: Chain D: L.144, N.145 Ligands: NAG.18, NAG.22 Ligand excluded by PLIP NAG.15: 5 residues within 4Å: Chain D: N.164, T.166 Chain E: N.164 Ligands: NAG.19, NAG.23 Ligand excluded by PLIP NAG.16: 4 residues within 4Å: Chain D: N.182, N.183 Ligands: NAG.20, NAG.24 Ligand excluded by PLIP NAG.17: 2 residues within 4Å: Chain E: N.151 Ligands: NAG.13 Ligand excluded by PLIP NAG.18: 3 residues within 4Å: Chain E: L.144, N.145 Ligands: NAG.14 Ligand excluded by PLIP NAG.19: 3 residues within 4Å: Chain E: N.164, T.166 Ligands: NAG.15 Ligand excluded by PLIP NAG.20: 3 residues within 4Å: Chain E: N.182, N.183 Ligands: NAG.16 Ligand excluded by PLIP NAG.21: 2 residues within 4Å: Chain F: N.151 Ligands: NAG.13 Ligand excluded by PLIP NAG.22: 3 residues within 4Å: Chain F: L.144, N.145 Ligands: NAG.14 Ligand excluded by PLIP NAG.23: 4 residues within 4Å: Chain D: N.164 Chain F: N.164, T.166 Ligands: NAG.15 Ligand excluded by PLIP NAG.24: 3 residues within 4Å: Chain F: N.182, N.183 Ligands: NAG.16 Ligand excluded by PLIP

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Hoq, M.R. et al., Cross-beta helical filaments of Tau and TMEM106B in gray and white matter of multiple system tauopathy with presenile dementia. Acta Neuropathol (2023)

Release Date

2023-11-22

Peptides

Transmembrane protein 106B: ABCDEF

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

C
C

D
D

E
E

F
F

Transmembrane protein 106B

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