SMTL ID : 8ja2.1

ASFV Topoisomerase ATPase domain in complex with AMP-PNP and Mg2+

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.73 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x MG: MAGNESIUM ION(Non-covalent)

MG.1: 2 residues within 4Å: Chain A: N.64 Ligands: ANP.2 No protein-ligand interaction detected (PLIP) MG.3: 2 residues within 4Å: Chain B: N.64 Ligands: ANP.4 No protein-ligand interaction detected (PLIP)

2 x ANP: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER(Non-covalent)

ANP.2: 23 residues within 4Å: Chain A: E.60, N.64, H.68, N.95, I.100, A.122, A.128, G.129, T.130, N.131, G.142, T.143, N.144, G.145, V.146, G.147, L.148, K.149, T.193, Q.366, K.368 Chain B: F.4 Ligands: MG.1 23 PLIP interactions: 23 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:N.64, A:N.95, A:N.95, A:T.130, A:T.130, A:N.131, A:T.143, A:N.144, A:N.144, A:G.145, A:G.145, A:V.146, A:G.147, A:L.148, A:Q.366, A:K.368, A:K.368 Water bridges: A:D.67, A:D.67, A:N.131, A:N.131, A:T.193 Salt bridges: A:K.149 ANP.4: 23 residues within 4Å: Chain A: F.4 Chain B: E.60, N.64, H.68, N.95, I.100, A.122, A.128, G.129, T.130, N.131, G.142, T.143, N.144, G.145, V.146, G.147, L.148, K.149, T.193, Q.366, K.368 Ligands: MG.3 24 PLIP interactions: 24 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:N.64, B:N.95, B:N.95, B:T.130, B:T.130, B:N.131, B:T.143, B:N.144, B:N.144, B:G.145, B:G.145, B:V.146, B:G.147, B:L.148, B:T.193, B:Q.366, B:K.368, B:K.368 Water bridges: B:E.60, B:N.64, B:D.67, B:N.131, B:N.131 Salt bridges: B:K.149

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Chang, C.M. et al., A unified view on enzyme catalysis by cryo-EM study of a DNA topoisomerase. Commun Chem (2024)

Release Date

2024-02-07

Peptides

DNA topoisomerase 2: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
A

DNA topoisomerase 2

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