SMTL ID : 8jex.1

Cryo-EM structure of alpha-synuclein gS87 fibril

Coordinates

PDB Format Compare

Method

ELECTRON MICROSCOPY

Oligo State

homo-hexamer

Ligands

6 x UNK- UNK- UNK- UNK- UNK- UNK- UNK- UNK- UNK: unverified amino acid chain(Non-functional Binders)(Non-covalent)

UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.1: 6 residues within 4Å: Ligands: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2 No protein-ligand interaction detected (PLIP) UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2: 14 residues within 4Å: Chain A: V.49 Ligands: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.1, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.1, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.1, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.1, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.1, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.1, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.1, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.3, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.3, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.3, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.3, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.3, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.3 No protein-ligand interaction detected (PLIP) UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.3: 9 residues within 4Å: Chain B: V.49 Ligands: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2 No protein-ligand interaction detected (PLIP) UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.4: 6 residues within 4Å: Ligands: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5 No protein-ligand interaction detected (PLIP) UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5: 14 residues within 4Å: Chain D: V.49 Ligands: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.4, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.4, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.4, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.4, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.4, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.4, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.4, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.6, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.6, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.6, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.6, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.6, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.6 No protein-ligand interaction detected (PLIP) UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.6: 9 residues within 4Å: Chain E: V.49 Ligands: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5 No protein-ligand interaction detected (PLIP)

6 x NAG: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose(Post Translational Modification)

NAG.7: 8 residues within 4Å: Chain A: K.80, T.81, V.82, S.87, I.88, A.89 Chain B: V.82 Ligands: NAG.8 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:A.89 Hydrogen bonds: A:K.80, A:K.80, A:T.81 NAG.8: 11 residues within 4Å: Chain A: S.87, I.88 Chain B: K.80, T.81, V.82, S.87, I.88, A.89 Chain C: V.82 Ligands: NAG.7, NAG.9 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:A.89 Hydrogen bonds: B:K.80, B:K.80, B:T.81 NAG.9: 9 residues within 4Å: Chain B: S.87, I.88 Chain C: K.80, T.81, V.82, S.87, I.88, A.89 Ligands: NAG.8 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain C Hydrophobic interactions: C:A.89 Hydrogen bonds: C:K.80, C:K.80, C:T.81 NAG.10: 8 residues within 4Å: Chain D: K.80, T.81, V.82, S.87, I.88, A.89 Chain E: V.82 Ligands: NAG.11 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain D Hydrophobic interactions: D:A.89 Hydrogen bonds: D:K.80, D:K.80, D:T.81 NAG.11: 11 residues within 4Å: Chain D: S.87, I.88 Chain E: K.80, T.81, V.82, S.87, I.88, A.89 Chain F: V.82 Ligands: NAG.10, NAG.12 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain E Hydrophobic interactions: E:A.89 Hydrogen bonds: E:K.80, E:K.80, E:T.81 NAG.12: 9 residues within 4Å: Chain E: S.87, I.88 Chain F: K.80, T.81, V.82, S.87, I.88, A.89 Ligands: NAG.11 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain F Hydrophobic interactions: F:A.89 Hydrogen bonds: F:K.80, F:K.80, F:T.81

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Hu, J. et al., Phosphorylation and O-GlcNAcylation at the same alpha-synuclein site generate distinct fibril structures. Nat Commun (2024)

Release Date

2024-04-17

Peptides

Alpha-synuclein: ABCDEF

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
H

B
P

C
G

D
B

E
K

F
A

Alpha-synuclein

Related Entries With Identical Sequence