SMTL ID : 8opc.1

Virus-like Particle based on PVY coat protein with helical architecture encapsidating ssRNA

Coordinates

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Method

ELECTRON MICROSCOPY

Oligo State

homo-28-mer

Ligands

28 x U- U- U- U- U: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')(Non-covalent)

U-U-U-U-U.1: 22 residues within 4Å: Chain A: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain B: R.183 Chain P: N.82 Chain Z: S.240 Ligands: U-U-U-U-U.2, U-U-U-U-U.16 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.2: 22 residues within 4Å: Chain 0: S.240 Chain A: N.82 Chain B: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain C: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.1, U-U-U-U-U.3 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.3: 22 residues within 4Å: Chain 1: S.240 Chain B: N.82 Chain C: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain D: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.2, U-U-U-U-U.4 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.4: 21 residues within 4Å: Chain C: N.82 Chain D: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain E: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.3, U-U-U-U-U.5 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.5: 21 residues within 4Å: Chain D: N.82 Chain E: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain F: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.4, U-U-U-U-U.6 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.6: 21 residues within 4Å: Chain E: N.82 Chain F: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain G: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.5, U-U-U-U-U.7 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.7: 21 residues within 4Å: Chain F: N.82 Chain G: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain H: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.6, U-U-U-U-U.8 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.8: 21 residues within 4Å: Chain G: N.82 Chain H: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain Y: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.7, U-U-U-U-U.25 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.9: 22 residues within 4Å: Chain B: S.240 Chain I: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain J: R.183 Chain X: N.82 Ligands: U-U-U-U-U.10, U-U-U-U-U.24 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.10: 22 residues within 4Å: Chain C: S.240 Chain I: N.82 Chain J: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain K: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.9, U-U-U-U-U.11 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.11: 22 residues within 4Å: Chain D: S.240 Chain J: N.82 Chain K: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain L: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.10, U-U-U-U-U.12 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.12: 22 residues within 4Å: Chain E: S.240 Chain K: N.82 Chain L: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain M: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.11, U-U-U-U-U.13 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.13: 22 residues within 4Å: Chain F: S.240 Chain L: N.82 Chain M: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain N: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.12, U-U-U-U-U.14 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.14: 22 residues within 4Å: Chain G: S.240 Chain M: N.82 Chain N: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain O: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.13, U-U-U-U-U.15 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.15: 22 residues within 4Å: Chain H: S.240 Chain N: N.82 Chain O: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain P: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.14, U-U-U-U-U.16 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.16: 22 residues within 4Å: Chain A: R.183 Chain O: N.82 Chain P: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain Y: S.240 Ligands: U-U-U-U-U.1, U-U-U-U-U.15 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.17: 20 residues within 4Å: Chain J: S.240 Chain Q: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain R: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.18 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.18: 22 residues within 4Å: Chain K: S.240 Chain Q: N.82 Chain R: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain S: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.17, U-U-U-U-U.19 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.19: 22 residues within 4Å: Chain L: S.240 Chain R: N.82 Chain S: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain T: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.18, U-U-U-U-U.20 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.20: 22 residues within 4Å: Chain M: S.240 Chain S: N.82 Chain T: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain U: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.19, U-U-U-U-U.21 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.21: 22 residues within 4Å: Chain N: S.240 Chain T: N.82 Chain U: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain V: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.20, U-U-U-U-U.22 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.22: 22 residues within 4Å: Chain O: S.240 Chain U: N.82 Chain V: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain W: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.21, U-U-U-U-U.23 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.23: 22 residues within 4Å: Chain P: S.240 Chain V: N.82 Chain W: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain X: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.22, U-U-U-U-U.24 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.24: 22 residues within 4Å: Chain A: S.240 Chain I: R.183 Chain W: N.82 Chain X: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Ligands: U-U-U-U-U.9, U-U-U-U-U.23 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.25: 21 residues within 4Å: Chain H: N.82 Chain Y: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain Z: R.183 Ligands: U-U-U-U-U.8, U-U-U-U-U.26 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.26: 21 residues within 4Å: Chain 0: R.183 Chain Y: N.82 Chain Z: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Ligands: U-U-U-U-U.25, U-U-U-U-U.27 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.27: 21 residues within 4Å: Chain 0: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Chain 1: R.183 Chain Z: N.82 Ligands: U-U-U-U-U.26, U-U-U-U-U.28 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U.28: 19 residues within 4Å: Chain 0: N.82 Chain 1: T.83, N.122, S.125, P.126, N.127, I.128, T.155, R.157, Q.158, R.183, Y.184, R.188, D.201, K.221, A.224, L.225, A.228 Ligands: U-U-U-U-U.27 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Kavcic, L. et al., From structural polymorphism to structural metamorphosis of the coat protein of flexuous filamentous potato virus Y. Commun Chem (2024)

Release Date

2024-01-24

Peptides

Genome polyprotein (Fragment): ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ01

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
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Bu

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Bw

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By

0
Ca

1
Cc

Genome polyprotein (Fragment)

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