SMTL ID : 9jbp.1

Cryo-EM structure of human SOD1 (C6A/C111A) amyloid filament

Coordinates

PDB Format Compare

Method

ELECTRON MICROSCOPY

Oligo State

homo-hexamer

Ligands

6 x UNK- UNK- UNK- UNK- UNK- UNK- UNK- UNK: Unassigned poly-alanine model(Non-covalent)

UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.1: 8 residues within 4Å: Chain A: K.17 Ligands: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2 No protein-ligand interaction detected (PLIP) UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2: 15 residues within 4Å: Chain B: K.17 Ligands: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.1, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.1, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.1, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.1, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.1, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.1, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.1, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.3, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.3, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.3, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.3, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.3, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.3, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.3 No protein-ligand interaction detected (PLIP) UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.3: 8 residues within 4Å: Chain C: K.17 Ligands: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.2 No protein-ligand interaction detected (PLIP) UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.4: 8 residues within 4Å: Chain D: K.17 Ligands: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5 No protein-ligand interaction detected (PLIP) UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5: 15 residues within 4Å: Chain E: K.17 Ligands: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.4, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.4, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.4, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.4, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.4, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.4, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.4, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.6, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.6, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.6, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.6, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.6, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.6, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.6 No protein-ligand interaction detected (PLIP) UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.6: 8 residues within 4Å: Chain F: K.17 Ligands: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5, UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK.5 No protein-ligand interaction detected (PLIP)

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Baek, Y. et al., Structural insights into the role of reduced cysteine residues in SOD1 amyloid filament formation. Proc.Natl.Acad.Sci.USA (2025)

Release Date

2025-01-15

Peptides

Superoxide dismutase [Cu-Zn]: ABCDEF

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

C
C

D
D

E
E

F
F

Superoxide dismutase [Cu-Zn]