SMTL ID : 1ddl.2 (4 other biounits)

DESMODIUM YELLOW MOTTLE TYMOVIRUS

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.70 Å

Oligo State

homo-15-mer

Ligands

5 x U- U- U- U- U- U- U: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')(Non-covalent)

U-U-U-U-U-U-U.1: 37 residues within 4Å: Chain A: V.24, G.25, N.26 Chain B: L.7, A.8, H.9, Q.10, A.11, S.12, L.13, N.14, K.16 Chain C: G.112, G.113, L.114, H.115, N.133, T.135, N.136 Chain M: Q.3, D.4, K.5 Chain N: Q.36, I.37, K.72, H.73, K.75, T.77, H.79, P.127, I.128, D.129, E.131, T.172, I.173, Q.174, Q.176 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U-U-U.3: 37 residues within 4Å: Chain A: Q.3, D.4, K.5 Chain B: Q.36, I.37, K.72, H.73, K.75, T.77, H.79, P.127, I.128, D.129, E.131, T.172, I.173, Q.174, Q.176 Chain D: V.24, G.25, N.26 Chain E: L.7, A.8, H.9, Q.10, A.11, S.12, L.13, N.14, K.16 Chain F: G.112, G.113, L.114, H.115, N.133, T.135, N.136 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U-U-U.5: 37 residues within 4Å: Chain D: Q.3, D.4, K.5 Chain E: Q.36, I.37, K.72, H.73, K.75, T.77, H.79, P.127, I.128, D.129, E.131, T.172, I.173, Q.174, Q.176 Chain G: V.24, G.25, N.26 Chain H: L.7, A.8, H.9, Q.10, A.11, S.12, L.13, N.14, K.16 Chain I: G.112, G.113, L.114, H.115, N.133, T.135, N.136 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U-U-U.7: 37 residues within 4Å: Chain G: Q.3, D.4, K.5 Chain H: Q.36, I.37, K.72, H.73, K.75, T.77, H.79, P.127, I.128, D.129, E.131, T.172, I.173, Q.174, Q.176 Chain J: V.24, G.25, N.26 Chain K: L.7, A.8, H.9, Q.10, A.11, S.12, L.13, N.14, K.16 Chain L: G.112, G.113, L.114, H.115, N.133, T.135, N.136 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U-U-U-U-U-U.9: 37 residues within 4Å: Chain J: Q.3, D.4, K.5 Chain K: Q.36, I.37, K.72, H.73, K.75, T.77, H.79, P.127, I.128, D.129, E.131, T.172, I.173, Q.174, Q.176 Chain M: V.24, G.25, N.26 Chain N: L.7, A.8, H.9, Q.10, A.11, S.12, L.13, N.14, K.16 Chain O: G.112, G.113, L.114, H.115, N.133, T.135, N.136 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available

5 x U- U: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')(Non-covalent)

U-U.2: 18 residues within 4Å: Chain A: L.93, V.94, W.95, V.107, L.108, T.110, Y.111, G.112, G.113, L.114, V.130, E.131, A.132, N.133, N.136 Chain B: L.184 Chain D: Q.36, Q.176 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U.4: 18 residues within 4Å: Chain D: L.93, V.94, W.95, V.107, L.108, T.110, Y.111, G.112, G.113, L.114, V.130, E.131, A.132, N.133, N.136 Chain E: L.184 Chain G: Q.36, Q.176 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U.6: 18 residues within 4Å: Chain G: L.93, V.94, W.95, V.107, L.108, T.110, Y.111, G.112, G.113, L.114, V.130, E.131, A.132, N.133, N.136 Chain H: L.184 Chain J: Q.36, Q.176 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U.8: 18 residues within 4Å: Chain J: L.93, V.94, W.95, V.107, L.108, T.110, Y.111, G.112, G.113, L.114, V.130, E.131, A.132, N.133, N.136 Chain K: L.184 Chain M: Q.36, Q.176 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U.10: 18 residues within 4Å: Chain A: Q.36, Q.176 Chain M: L.93, V.94, W.95, V.107, L.108, T.110, Y.111, G.112, G.113, L.114, V.130, E.131, A.132, N.133, N.136 Chain N: L.184 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Larson, S.B. et al., Refined structure of desmodium yellow mottle tymovirus at 2.7 A resolution. J.Mol.Biol. (2000)

Release Date

2000-10-30

Peptides

DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS: ABCDEFGHIJKLMNO

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

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L
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N
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DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS

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