SMTL ID : 1fch.3 (4 other biounits)

CRYSTAL STRUCTURE OF THE PTS1 COMPLEXED TO THE TPR REGION OF HUMAN PEX5

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.20 Å

Oligo State

homo-tetramer

Ligands

4 x TYR- GLN- SER- LYS- LEU: PTS1-CONTAINING PEPTIDE(Non-covalent)

TYR-GLN-SER-LYS-LEU.1: 21 residues within 4Å: Chain A: E.112, V.140, T.143, N.144, S.146, N.228, N.255, K.256, A.259, T.260, A.262, N.263, Y.274, R.286, N.290, I.293, N.297, L.338 Chain D: D.238, T.241, A.242 26 PLIP interactions: 22 interactions with chain A, 4 interactions with chain D Hydrophobic interactions: A:V.140, A:T.143, A:N.144, A:A.259, A:L.338, D:D.238 Hydrogen bonds: A:N.144, A:N.144, A:N.144, A:N.255, A:N.263, A:N.263, A:Y.274, A:Y.274, A:N.290, A:N.290, A:N.297, D:D.238, D:D.238, D:A.242 Water bridges: A:T.143, A:S.146, A:N.263, A:R.286 Salt bridges: A:K.256, A:R.286 TYR-GLN-SER-LYS-LEU.2: 25 residues within 4Å: Chain A: D.234, K.235, V.237, D.238, L.261, Q.266, E.269 Chain B: E.112, V.140, T.143, N.144, N.228, N.255, K.256, A.259, T.260, A.262, Y.274, R.286, Y.289, N.290, I.293, N.331, T.335, L.338 42 PLIP interactions: 28 interactions with chain B, 14 interactions with chain A Hydrophobic interactions: B:V.140, B:T.143, B:N.228, B:A.259, B:L.338, A:K.235, A:V.237, A:V.237, A:V.237 Hydrogen bonds: B:N.144, B:N.144, B:N.144, B:N.144, B:N.255, B:Y.274, B:Y.274, B:N.290, B:N.290, B:T.335, B:T.335, A:K.235, A:D.238 Water bridges: B:E.145, B:N.263, B:N.263, B:Y.284, B:Y.284, B:R.286, B:R.286, B:Y.289, B:N.331, B:N.331, A:D.234, A:D.234, A:K.235, A:K.235, A:D.238, A:D.238, A:D.238, A:T.241 Salt bridges: B:K.256, B:R.286 TYR-GLN-SER-LYS-LEU.3: 21 residues within 4Å: Chain B: D.238, T.241, A.242 Chain C: E.112, V.140, T.143, N.144, S.146, N.228, N.255, K.256, A.259, T.260, A.262, N.263, Y.274, R.286, N.290, I.293, N.297, L.338 25 PLIP interactions: 22 interactions with chain C, 3 interactions with chain B Hydrophobic interactions: C:V.140, C:T.143, C:N.144, C:A.259, C:L.338, B:D.238 Hydrogen bonds: C:N.144, C:N.144, C:N.144, C:N.144, C:N.255, C:N.263, C:N.263, C:Y.274, C:N.290, C:N.290, C:N.297, B:D.238, B:A.242 Water bridges: C:T.143, C:S.146, C:N.263, C:R.286 Salt bridges: C:K.256, C:R.286 TYR-GLN-SER-LYS-LEU.4: 25 residues within 4Å: Chain C: D.234, K.235, V.237, D.238, L.261, Q.266, E.269 Chain D: E.112, V.140, T.143, N.144, N.228, N.255, K.256, A.259, T.260, A.262, Y.274, R.286, Y.289, N.290, I.293, N.331, T.335, L.338 36 PLIP interactions: 24 interactions with chain D, 12 interactions with chain C Hydrophobic interactions: D:V.140, D:T.143, D:N.228, D:A.259, D:L.338, C:K.235, C:V.237, C:V.237, C:V.237 Hydrogen bonds: D:N.144, D:N.144, D:N.144, D:N.255, D:Y.274, D:N.290, D:N.290, C:K.235, C:D.238, C:D.238, C:E.269 Water bridges: D:E.145, D:N.263, D:N.263, D:Y.284, D:Y.284, D:R.286, D:R.286, D:Y.289, D:N.331, D:N.331, C:K.235, C:D.238, C:D.238, C:D.238 Salt bridges: D:K.256, D:R.286

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Gatto Jr., G.J. et al., Peroxisomal targeting signal-1 recognition by the TPR domains of human PEX5. Nat.Struct.Biol. (2000)

Release Date

2000-12-06

Peptides

PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR: ABCD

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

C
A

D
B

PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR

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