- Coordinates
- PDB Format
- Method
- X-RAY DIFFRACTION 2.20 Å
- Oligo State
- homo-dimer
- Ligands
- 3 x SO4: SULFATE ION(Non-functional Binders)
- 2 x DAU: 2'DEOXY-THYMIDINE-5'-DIPHOSPHO-ALPHA-D-GLUCOSE(Non-covalent)
DAU.4: 26 residues within 4Å:- Chain A: S.86, H.87, N.88, T.125, D.126, E.127, Y.161, C.188, S.189, N.190, E.199, K.200, F.201, R.204, Q.205, K.216, L.217, Y.218, N.223, R.225, N.260, R.284, H.287, Y.291, Y.340
- Ligands: NAD.6
31 PLIP interactions:31 interactions with chain A- Hydrophobic interactions: A:F.201, A:Y.218
- Hydrogen bonds: A:N.88, A:T.125, A:T.125, A:D.126, A:E.127, A:E.127, A:Y.161, A:Y.161, A:N.190, A:K.200, A:K.200, A:F.201, A:R.204, A:Q.205, A:K.216, A:Y.218, A:R.225, A:N.260
- Water bridges: A:H.87, A:H.87, A:N.190, A:N.191, A:R.284, A:R.284
- Salt bridges: A:H.87, A:R.225, A:R.284, A:R.284
- pi-Stacking: A:Y.218
DAU.5: 26 residues within 4Å:- Chain B: S.86, H.87, N.88, T.125, D.126, E.127, Y.161, C.188, S.189, N.190, E.199, K.200, F.201, R.204, Q.205, K.216, L.217, Y.218, N.223, R.225, N.260, R.284, H.287, Y.291, Y.340
- Ligands: NAD.7
29 PLIP interactions:29 interactions with chain B- Hydrophobic interactions: B:F.201, B:Y.218
- Hydrogen bonds: B:S.86, B:N.88, B:T.125, B:T.125, B:D.126, B:E.127, B:Y.161, B:N.190, B:K.200, B:F.201, B:R.204, B:Q.205, B:K.216, B:Y.218, B:R.225, B:N.260
- Water bridges: B:H.87, B:Y.161, B:N.190, B:N.191, B:R.225, B:R.284
- Salt bridges: B:H.87, B:R.225, B:R.284, B:R.284
- pi-Stacking: B:Y.218
- 2 x NAD: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE(Non-covalent)
NAD.6: 30 residues within 4Å:- Chain A: G.11, A.13, G.14, F.15, I.16, D.37, K.38, L.39, T.40, A.42, G.43, G.61, D.62, I.63, Y.82, A.83, A.84, S.86, T.101, V.123, S.124, T.125, Y.161, K.165, C.188, S.189, N.190, N.191, K.200
- Ligands: DAU.4
29 PLIP interactions:29 interactions with chain A- Hydrophobic interactions: A:I.16
- Hydrogen bonds: A:A.13, A:F.15, A:I.16, A:G.17, A:K.38, A:L.39, A:T.40, A:T.40, A:D.62, A:D.62, A:I.63, A:Y.82, A:A.84, A:S.86, A:K.165, A:N.191, A:N.191, A:K.200, A:K.200
- Water bridges: A:G.14, A:E.85, A:S.86, A:Q.196, A:Q.196, A:H.197, A:H.197
- Salt bridges: A:K.200, A:K.200
NAD.7: 31 residues within 4Å:- Chain B: G.11, A.13, G.14, F.15, I.16, D.37, K.38, L.39, T.40, A.42, G.43, G.61, D.62, I.63, Y.82, A.83, A.84, S.86, T.101, V.123, S.124, T.125, Y.161, K.165, C.188, S.189, N.190, N.191, Q.196, K.200
- Ligands: DAU.5
31 PLIP interactions:31 interactions with chain B- Hydrophobic interactions: B:I.16
- Hydrogen bonds: B:A.13, B:A.13, B:F.15, B:I.16, B:G.17, B:K.38, B:L.39, B:T.40, B:T.40, B:D.62, B:I.63, B:Y.82, B:A.84, B:S.86, B:T.101, B:Y.161, B:K.165, B:N.191, B:N.191, B:Q.196, B:K.200, B:K.200
- Water bridges: B:G.14, B:Y.41, B:A.42, B:S.86, B:H.197, B:K.200
- Salt bridges: B:K.200, B:K.200
- Links
- RCSB PDBe PDBe-KB PDBj PDBsum CATH PLIP
- Citation
- Allard, S.T. et al., Toward a structural understanding of the dehydratase mechanism. Structure (2002)
- Release Date
- 2002-01-25
- Peptides
- dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase: AB
- SMTL:PDB
- SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:A
AB
B
- Coordinates
- PDB Format
- Method
- X-RAY DIFFRACTION 2.20 Å
- Oligo State
- homo-dimer
- Ligands
- 3 x SO4: SULFATE ION(Non-functional Binders)
- 2 x DAU: 2'DEOXY-THYMIDINE-5'-DIPHOSPHO-ALPHA-D-GLUCOSE(Non-covalent)
- 2 x NAD: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE(Non-covalent)
- Links
- RCSB PDBe PDBe-KB PDBj PDBsum CATH PLIP
- Citation
- Allard, S.T. et al., Toward a structural understanding of the dehydratase mechanism. Structure (2002)
- Release Date
- 2002-01-25
- Peptides
- dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase: AB
- SMTL:PDB
- SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:A
AB
B