SMTL ID : 1ket.1

The crystal structure of dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase (RmlB) from Streptococcus suis with thymidine diphosphate bound

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.80 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x TYD: THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE(Non-covalent)

TYD.1: 19 residues within 4Å: Chain A: H.87, N.88, E.127, N.190, E.199, K.200, F.201, R.204, Q.205, K.216, L.217, Y.218, N.223, R.225, N.260, R.284, H.287, Y.291, Y.340 21 PLIP interactions: 21 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:F.201, A:Y.218 Hydrogen bonds: A:N.88, A:N.190, A:N.190, A:F.201, A:R.204, A:Q.205, A:K.216, A:Y.218, A:R.225, A:N.260 Water bridges: A:H.87, A:K.200, A:R.225, A:R.284 Salt bridges: A:H.87, A:R.225, A:R.284, A:R.284 pi-Stacking: A:Y.218 TYD.3: 18 residues within 4Å: Chain B: H.87, N.88, E.127, N.190, E.199, K.200, F.201, R.204, Q.205, K.216, L.217, Y.218, N.223, R.225, N.260, R.284, H.287, Y.340 21 PLIP interactions: 21 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:F.201, B:Y.218 Hydrogen bonds: B:N.88, B:N.190, B:F.201, B:R.204, B:Q.205, B:K.216, B:Y.218, B:R.225, B:N.260 Water bridges: B:S.86, B:S.86, B:H.87, B:R.225, B:R.284 Salt bridges: B:H.87, B:R.225, B:R.284, B:R.284 pi-Stacking: B:Y.218

2 x NAD: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE(Non-covalent)

NAD.2: 29 residues within 4Å: Chain A: G.11, A.13, G.14, F.15, I.16, D.37, K.38, L.39, T.40, A.42, G.43, G.61, D.62, I.63, Y.82, A.83, A.84, S.86, T.101, V.123, S.124, T.125, Y.161, K.165, C.188, S.189, N.190, N.191, K.200 28 PLIP interactions: 28 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:I.16 Hydrogen bonds: A:A.13, A:F.15, A:I.16, A:K.38, A:L.39, A:T.40, A:T.40, A:D.62, A:D.62, A:I.63, A:Y.82, A:A.84, A:S.86, A:K.165, A:N.191, A:K.200, A:K.200 Water bridges: A:G.14, A:G.17, A:A.42, A:E.85, A:S.86, A:Q.196, A:Q.196, A:H.197 Salt bridges: A:K.200, A:K.200 NAD.4: 29 residues within 4Å: Chain B: G.11, A.13, G.14, F.15, I.16, D.37, K.38, L.39, T.40, A.42, G.43, G.61, D.62, I.63, Y.82, A.83, A.84, S.86, T.101, V.123, S.124, T.125, Y.161, K.165, C.188, S.189, N.190, N.191, K.200 29 PLIP interactions: 29 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:I.16 Hydrogen bonds: B:A.13, B:F.15, B:I.16, B:K.38, B:L.39, B:T.40, B:T.40, B:D.62, B:I.63, B:Y.82, B:A.84, B:S.86, B:T.101, B:Y.161, B:K.165, B:N.191, B:Q.196, B:K.200 Water bridges: B:G.14, B:G.17, B:Y.41, B:A.42, B:S.86, B:N.190, B:H.197, B:K.200 Salt bridges: B:K.200, B:K.200

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Allard, S.T. et al., Toward a structural understanding of the dehydratase mechanism. Structure (2002)

Release Date

2002-01-25

Peptides

dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase

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