SMTL ID : 3aex.1

Catalytic intermediate analogue of threonine synthase from Thermus thermophilus HB8

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.10 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x AN7: (3E)-4-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}-2-oxobut-3-enoic acid(Non-covalent)

AN7.1: 25 residues within 4Å: Chain A: F.60, K.61, A.83, S.84, T.85, G.86, N.87, T.88, F.134, P.185, V.186, G.187, N.188, A.189, G.190, N.191, A.240, I.241, I.243, E.287, A.289, S.290, T.317, G.318 Ligands: PO4.2 23 PLIP interactions: 23 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:I.241, A:E.287 Hydrogen bonds: A:K.61, A:T.85, A:G.86, A:N.87, A:N.87, A:T.88, A:T.88, A:G.187, A:N.188, A:A.189, A:G.190, A:N.191, A:T.317 Water bridges: A:T.85, A:T.85, A:N.188, A:N.188, A:I.192 Salt bridges: A:K.61, A:K.61 pi-Stacking: A:F.60 AN7.3: 25 residues within 4Å: Chain B: F.60, K.61, A.83, S.84, T.85, G.86, N.87, T.88, F.134, P.185, V.186, G.187, N.188, A.189, G.190, N.191, A.240, I.241, I.243, E.287, A.289, S.290, T.317, G.318 Ligands: PO4.4 23 PLIP interactions: 23 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:I.241, B:E.287 Hydrogen bonds: B:K.61, B:T.85, B:G.86, B:N.87, B:N.87, B:T.88, B:T.88, B:G.187, B:N.188, B:A.189, B:G.190, B:N.191 Water bridges: B:T.85, B:K.116, B:Q.164, B:N.188, B:N.191, B:I.192 Salt bridges: B:K.61, B:K.61 pi-Stacking: B:F.60

2 x PO4: PHOSPHATE ION(Non-functional Binders)

PO4.2: 8 residues within 4Å: Chain A: K.61, T.88, F.134, N.154, S.155, R.160, N.188 Ligands: AN7.1 10 PLIP interactions: 10 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:N.154, A:S.155, A:S.155, A:S.155, A:N.188 Water bridges: A:K.61, A:S.155, A:S.155 Salt bridges: A:K.61, A:R.160 PO4.4: 8 residues within 4Å: Chain B: K.61, T.88, F.134, N.154, S.155, R.160, N.188 Ligands: AN7.3 10 PLIP interactions: 10 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:T.88, B:T.88, B:N.154, B:S.155, B:N.188 Water bridges: B:S.155, B:R.160, B:N.188 Salt bridges: B:K.61, B:R.160

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Murakawa, T. et al., Product-assisted catalysis as the basis of the reaction specificity of threonine synthase. J.Biol.Chem. (2011)

Release Date

2010-11-17

Peptides

Threonine synthase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

Threonine synthase

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