SMTL ID : 3ejx.1 (6 other biounits)

Crystal structure of diaminopimelate epimerase from Arabidopsis thaliana in complex with LL-AziDAP

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.95 Å

Oligo State

homo-hexamer

Ligands

6 x ZDP: (2S,6S)-2,6-DIAMINO-2-METHYLHEPTANEDIOIC ACID(Covalent)

ZDP.1: 16 residues within 4Å: Chain A: N.37, F.39, N.90, P.96, M.98, C.99, G.100, N.101, N.188, N.227, E.245, R.246, A.253, C.254, G.255, T.256 15 PLIP interactions: 15 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:F.39, A:P.96 Hydrogen bonds: A:N.37, A:N.90, A:G.100, A:N.101, A:N.188, A:N.227, A:E.245, A:R.246, A:G.255, A:T.256, A:T.256 Salt bridges: A:R.246 Water bridges: A:N.37 ZDP.2: 15 residues within 4Å: Chain B: N.37, F.39, N.90, P.96, M.98, C.99, G.100, N.101, N.188, N.227, E.245, R.246, C.254, G.255, T.256 15 PLIP interactions: 15 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:F.39, B:P.96 Hydrogen bonds: B:N.37, B:N.90, B:G.100, B:N.101, B:N.188, B:N.227, B:E.245, B:R.246, B:G.255, B:T.256, B:T.256 Salt bridges: B:R.246 Water bridges: B:N.37 ZDP.3: 15 residues within 4Å: Chain C: N.37, F.39, N.90, P.96, M.98, C.99, G.100, N.101, N.188, N.227, E.245, R.246, C.254, G.255, T.256 16 PLIP interactions: 16 interactions with chain C Hydrophobic interactions: C:F.39, C:P.96 Hydrogen bonds: C:N.37, C:N.90, C:N.90, C:G.100, C:N.101, C:N.188, C:N.227, C:E.245, C:E.245, C:G.255, C:T.256, C:T.256 Salt bridges: C:R.246 Water bridges: C:N.37 ZDP.4: 16 residues within 4Å: Chain D: N.37, F.39, N.90, P.96, M.98, C.99, G.100, N.101, N.188, N.227, E.245, R.246, A.253, C.254, G.255, T.256 15 PLIP interactions: 15 interactions with chain D Hydrophobic interactions: D:F.39, D:P.96 Hydrogen bonds: D:N.37, D:N.90, D:N.90, D:G.100, D:N.101, D:N.188, D:N.227, D:E.245, D:G.255, D:T.256, D:T.256 Salt bridges: D:R.246 Water bridges: D:N.37 ZDP.5: 15 residues within 4Å: Chain E: N.37, F.39, N.90, P.96, M.98, C.99, G.100, N.101, N.188, N.227, E.245, R.246, C.254, G.255, T.256 16 PLIP interactions: 16 interactions with chain E Hydrophobic interactions: E:F.39, E:P.96 Hydrogen bonds: E:N.37, E:N.90, E:N.90, E:G.100, E:N.101, E:N.188, E:N.227, E:E.245, E:E.245, E:G.255, E:T.256, E:T.256 Salt bridges: E:R.246 Water bridges: E:N.37 ZDP.6: 16 residues within 4Å: Chain F: N.37, F.39, N.90, P.96, M.98, C.99, G.100, N.101, N.188, N.227, E.245, R.246, A.253, C.254, G.255, T.256 15 PLIP interactions: 15 interactions with chain F Hydrophobic interactions: F:F.39, F:P.96 Hydrogen bonds: F:N.37, F:N.90, F:N.90, F:G.100, F:N.101, F:N.188, F:N.227, F:E.245, F:G.255, F:T.256, F:T.256 Salt bridges: F:R.246 Water bridges: F:N.37

Links

RCSB   PDBe   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Pillai, B. et al., Crystal structure of diaminopimelate epimerase from Arabidopsis thaliana, an amino acid racemase critical for L-lysine biosynthesis. J.Mol.Biol. (2009)

Release Date

2009-02-17

Peptides

Diaminopimelate epimerase, chloroplastic: ABCDEF

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

C
C

D
D

E
E

F
F

Diaminopimelate epimerase, chloroplastic

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