SMTL ID : 3wdk.1 (1 other biounit)

Crystal structure of 4-phosphopantoate-beta-alanine ligase complexed with reaction intermediate

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.30 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x PTJ: 5'-O-[(S)-hydroxy{[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]oxy}phosphoryl]adenosine(Non-covalent)

PTJ.1: 21 residues within 4Å: Chain A: A.32, G.33, A.36, R.39, G.40, N.77, G.78, N.79, L.103, F.104, Y.105, R.110, L.161, E.162, D.163, D.181, L.182, N.183, D.198, N.199, I.200 21 PLIP interactions: 21 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:A.32, A:A.36 Hydrogen bonds: A:G.78, A:N.102, A:F.104, A:Y.105, A:D.163, A:D.163, A:D.181, A:L.182, A:N.199, A:N.199, A:I.200 Water bridges: A:H.37, A:N.77, A:N.77, A:R.110, A:G.164, A:N.183, A:S.186 Salt bridges: A:R.110 PTJ.3: 22 residues within 4Å: Chain B: A.32, G.33, A.36, R.39, G.40, N.77, G.78, N.79, L.83, L.103, F.104, Y.105, R.110, L.161, E.162, D.163, D.181, L.182, N.183, D.198, N.199, I.200 24 PLIP interactions: 24 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:A.36 Hydrogen bonds: B:R.39, B:N.77, B:G.78, B:N.102, B:F.104, B:Y.105, B:D.163, B:D.181, B:L.182, B:N.183, B:N.199, B:N.199, B:I.200 Water bridges: B:A.30, B:A.30, B:R.39, B:R.39, B:L.161, B:R.166, B:N.183, B:S.186 Salt bridges: B:R.39, B:R.110

1 x FLC: CITRATE ANION(Non-covalent)

FLC.2: 7 residues within 4Å: Chain A: E.53, P.54, R.57, D.237, L.240, H.241, D.244 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:D.244 Water bridges: A:R.248 Salt bridges: A:R.57, A:H.241

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Kishimoto, A. et al., Crystal structure of phosphopantothenate synthetase from Thermococcus kodakarensis. Proteins (2014)

Release Date

2014-04-02

Peptides

4-phosphopantoate--beta-alanine ligase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

4-phosphopantoate--beta-alanine ligase

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