SMTL ID : 4wlf.1

Crystal structure of L-malate bound MDH2

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.20 Å

Oligo State

homo-tetramer

Ligands

4 x LMR: (2S)-2-hydroxybutanedioic acid(Non-covalent)

LMR.1: 9 residues within 4Å: Chain A: R.106, R.112, N.144, L.174, R.178, H.202, G.236, S.248, A.249 12 PLIP interactions: 12 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:R.112, A:N.144, A:H.202, A:S.248 Water bridges: A:R.106, A:R.178, A:A.249 Salt bridges: A:R.106, A:R.112, A:R.112, A:R.178, A:H.202 LMR.3: 9 residues within 4Å: Chain B: R.106, R.112, N.144, L.174, R.178, H.202, G.236, S.248, A.249 10 PLIP interactions: 10 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:R.112, B:N.144, B:H.202, B:S.248 Water bridges: B:R.106 Salt bridges: B:R.106, B:R.112, B:R.112, B:R.178, B:H.202 LMR.5: 9 residues within 4Å: Chain C: R.106, R.112, N.144, L.174, R.178, H.202, G.236, S.248, A.249 10 PLIP interactions: 10 interactions with chain C Hydrogen bonds: C:R.112, C:N.144, C:H.202, C:S.248, C:S.248 Salt bridges: C:R.106, C:R.112, C:R.112, C:R.178, C:H.202 LMR.7: 9 residues within 4Å: Chain D: R.106, R.112, N.144, L.174, R.178, H.202, G.236, S.248, A.249 10 PLIP interactions: 10 interactions with chain D Hydrogen bonds: D:R.112, D:N.144, D:H.202, D:S.248, D:S.248 Salt bridges: D:R.106, D:R.112, D:R.112, D:R.178, D:H.202

4 x PO4: PHOSPHATE ION(Non-functional Binders)

PO4.2: 10 residues within 4Å: Chain A: I.38, P.101, A.102, G.103, V.104, P.105, N.119, I.142, A.143, N.144 6 PLIP interactions: 6 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:G.103, A:V.104, A:N.119, A:N.144, A:N.144, A:S.248 PO4.4: 9 residues within 4Å: Chain B: P.101, A.102, G.103, V.104, P.105, N.119, I.142, A.143, N.144 6 PLIP interactions: 6 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:G.103, B:V.104, B:N.119, B:N.144, B:N.144 Water bridges: B:S.248 PO4.6: 10 residues within 4Å: Chain C: I.38, P.101, A.102, G.103, V.104, P.105, N.119, I.142, A.143, N.144 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain C Hydrogen bonds: C:A.102, C:N.119, C:N.144, C:N.144 PO4.8: 10 residues within 4Å: Chain D: I.38, P.101, A.102, G.103, V.104, P.105, N.119, I.142, A.143, N.144 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain D Hydrogen bonds: D:A.102, D:N.119, D:N.144, D:N.144

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Eo, Y.M. et al., Crystal structure of L-malate bound MDH2. To Be Published

Release Date

2015-11-25

Peptides

Malate dehydrogenase, mitochondrial: ABCD

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

C
C

D
D

Malate dehydrogenase, mitochondrial

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