SMTL ID : 6lzl.1

Crystal structure of human dihydroorotate dehydrogenase (DHODH) with Piperine

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.98 Å

Oligo State

monomer

Ligands

1 x ORO: OROTIC ACID(Non-covalent)

ORO.1: 13 residues within 4Å: Chain A: K.69, N.114, R.115, Y.116, G.117, F.118, N.181, S.184, P.185, N.186, N.253, T.254 Ligands: FMN.2 11 PLIP interactions: 11 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:N.114, A:N.114, A:G.117, A:F.118, A:N.181, A:N.186, A:N.253, A:N.253 Water bridges: A:S.184, A:S.184 Salt bridges: A:K.69

1 x FMN: FLAVIN MONONUCLEOTIDE(Non-covalent)

FMN.2: 24 residues within 4Å: Chain A: A.64, A.65, G.66, K.69, G.88, S.89, N.114, Y.116, N.150, N.181, K.224, T.252, N.253, T.254, S.274, G.275, L.278, V.302, G.303, G.304, L.324, Y.325, T.326 Ligands: ORO.1 18 PLIP interactions: 18 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:N.114, A:Y.116, A:Y.325, A:Y.325 Hydrogen bonds: A:A.65, A:K.69, A:S.89, A:S.89, A:N.150, A:K.224, A:K.224, A:N.253, A:G.275, A:G.304, A:Y.325, A:T.326, A:T.326 Water bridges: A:A.65

1 x AYR: (2E,4E)-5-(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)-1-(piperidin-1-yl)penta-2,4-dien-1-one(Non-covalent)

AYR.3: 13 residues within 4Å: Chain A: Y.7, M.12, P.21, H.25, A.28, T.32, L.37, F.67, V.103, V.112, Y.325, T.329, P.333 5 PLIP interactions: 5 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:A.28, A:V.103, A:V.112, A:T.329 Hydrogen bonds: A:Y.7

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Liu, Z.H. et al., Crystal structure of human dihydroorotate dehydrogenase (DHODH) with Piperine. To Be Published

Release Date

2020-04-15

Peptides

Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial: A

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

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