SMTL ID : 6nmx.2 (1 other biounit)

Threonine synthase from Bacillus subtilis ATCC 6633 with PLP and APPA

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.97 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x LJS: (2E,3Z)-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}-5-phosphonopent-3-enoic acid(Non-covalent)

LJS.1: 25 residues within 4Å: Chain A: F.60, K.61, S.84, T.85, G.86, N.87, T.88, F.134, N.154, S.155, R.160, P.185, V.186, G.187, N.188, A.189, G.190, N.191, A.239, I.240, I.242, E.286, S.289, T.316, G.317 34 PLIP interactions: 34 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:F.134, A:N.188, A:I.240, A:I.242, A:E.286 Hydrogen bonds: A:K.61, A:T.85, A:G.86, A:N.87, A:N.87, A:T.88, A:T.88, A:T.88, A:N.154, A:S.155, A:R.160, A:R.160, A:P.185, A:G.187, A:N.188, A:N.188, A:A.189, A:G.190, A:N.191, A:T.316, A:T.316 Water bridges: A:K.61, A:T.85, A:S.155, A:S.155, A:I.192 Salt bridges: A:K.61, A:K.61 pi-Stacking: A:F.60 LJS.2: 24 residues within 4Å: Chain B: F.60, K.61, S.84, T.85, N.87, T.88, F.134, N.154, S.155, R.160, P.185, V.186, G.187, N.188, A.189, G.190, N.191, A.239, I.240, I.242, E.286, S.289, T.316, G.317 36 PLIP interactions: 36 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:F.134, B:N.188, B:A.239, B:I.240, B:I.242, B:E.286 Hydrogen bonds: B:K.61, B:T.85, B:G.86, B:N.87, B:N.87, B:T.88, B:T.88, B:T.88, B:N.154, B:S.155, B:R.160, B:R.160, B:P.185, B:G.187, B:N.188, B:N.188, B:A.189, B:G.190, B:N.191, B:T.316 Water bridges: B:K.61, B:T.85, B:T.85, B:S.155, B:N.188, B:N.191, B:I.192 Salt bridges: B:K.61, B:K.61 pi-Stacking: B:F.60

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Petronikolou, N. et al., Molecular Basis of Bacillus subtilis ATCC 6633 Self-Resistance to the Phosphono-oligopeptide Antibiotic Rhizocticin. ACS Chem. Biol. (2019)

Release Date

2019-03-13

Peptides

Threonine synthase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
B

B
D

Threonine synthase

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