SMTL ID : 6oc0.1

Crystal structure of human DHODH with OSU-03012

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.40 Å

Oligo State

monomer

Ligands

1 x ORO: OROTIC ACID(Non-covalent)

ORO.1: 13 residues within 4Å: Chain A: K.73, N.118, R.119, Y.120, G.121, F.122, N.185, S.188, P.189, N.190, N.257, T.258 Ligands: FMN.2 12 PLIP interactions: 12 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:F.122 Hydrogen bonds: A:N.118, A:N.118, A:N.118, A:Y.120, A:G.121, A:F.122, A:N.185, A:N.190, A:N.257, A:N.257 Salt bridges: A:K.73

1 x FMN: FLAVIN MONONUCLEOTIDE(Non-covalent)

FMN.2: 24 residues within 4Å: Chain A: A.68, A.69, G.70, K.73, G.92, S.93, N.118, Y.120, N.154, N.185, K.228, T.256, N.257, T.258, S.278, G.279, L.282, V.306, G.307, G.308, L.328, Y.329, T.330 Ligands: ORO.1 22 PLIP interactions: 22 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:N.118, A:Y.120, A:Y.329, A:Y.329 Hydrogen bonds: A:A.69, A:K.73, A:S.93, A:S.93, A:N.154, A:N.185, A:K.228, A:K.228, A:N.257, A:S.278, A:G.279, A:G.308, A:Y.329, A:T.330, A:T.330 Water bridges: A:A.69, A:G.307, A:V.309

3 x SO4: SULFATE ION(Non-functional Binders)

SO4.3: 3 residues within 4Å: Chain A: R.218, V.220, H.221 2 PLIP interactions: 2 interactions with chain A Salt bridges: A:R.218, A:H.221 SO4.4: 5 residues within 4Å: Chain A: R.30, H.74, R.104, N.123, H.125 10 PLIP interactions: 10 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:R.104, A:N.123 Water bridges: A:R.30, A:R.106, A:R.106, A:R.106, A:S.124 Salt bridges: A:R.30, A:H.74, A:H.125 SO4.5: 2 residues within 4Å: Chain A: R.219, R.222 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain A Water bridges: A:R.219, A:R.222 Salt bridges: A:R.219, A:R.222

1 x M4J: N-{4-[5-(phenanthren-2-yl)-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-1-yl]phenyl}glycinamide(Non-covalent)

M4J.6: 13 residues within 4Å: Chain A: Y.11, M.16, L.19, A.32, F.35, T.36, L.40, L.41, P.42, R.43, M.84, L.332, P.337 10 PLIP interactions: 10 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:L.19, A:A.32, A:F.35, A:F.35, A:L.40, A:L.332, A:P.337 Hydrogen bonds: A:L.41, A:L.41, A:R.43

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Abt, E.R. et al., Metabolic Modifier Screen Reveals Secondary Targets of Protein Kinase Inhibitors within Nucleotide Metabolism. Cell Chem Biol (2020)

Release Date

2019-11-13

Peptides

Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial: A

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

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