SMTL ID : 7saq.1

Cryo-EM structure of TMEM106B fibrils extracted from a FTLD-TDP patient, polymorph 1

Coordinates

PDB Format Compare

Method

ELECTRON MICROSCOPY

Oligo State

homo-pentamer

Ligands

20 x NAG: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose(Post Translational Modification)

NAG.1: 6 residues within 4Å: Chain A: L.144, N.145 Chain D: N.145 Chain E: L.144 Ligands: NAG.13, NAG.17 Ligand excluded by PLIP NAG.2: 4 residues within 4Å: Chain A: N.164 Chain D: N.164 Ligands: NAG.14, NAG.18 Ligand excluded by PLIP NAG.3: 5 residues within 4Å: Chain A: N.182, N.183 Chain D: N.182 Ligands: NAG.15, NAG.19 Ligand excluded by PLIP NAG.4: 4 residues within 4Å: Chain A: N.151, T.153 Ligands: NAG.16, NAG.20 Ligand excluded by PLIP NAG.5: 4 residues within 4Å: Chain B: L.144, N.145 Chain C: L.144 Ligands: NAG.9 Ligand excluded by PLIP NAG.6: 2 residues within 4Å: Chain B: N.164 Ligands: NAG.10 Ligand excluded by PLIP NAG.7: 3 residues within 4Å: Chain B: N.182, N.183 Ligands: NAG.11 Ligand excluded by PLIP NAG.8: 3 residues within 4Å: Chain B: N.151, T.153 Ligands: NAG.12 Ligand excluded by PLIP NAG.9: 6 residues within 4Å: Chain B: N.145 Chain C: L.144, N.145 Chain D: L.144 Ligands: NAG.5, NAG.13 Ligand excluded by PLIP NAG.10: 4 residues within 4Å: Chain B: N.164 Chain C: N.164 Ligands: NAG.6, NAG.14 Ligand excluded by PLIP NAG.11: 5 residues within 4Å: Chain B: N.182 Chain C: N.182, N.183 Ligands: NAG.7, NAG.15 Ligand excluded by PLIP NAG.12: 4 residues within 4Å: Chain C: N.151, T.153 Ligands: NAG.8, NAG.16 Ligand excluded by PLIP NAG.13: 6 residues within 4Å: Chain A: L.144 Chain C: N.145 Chain D: L.144, N.145 Ligands: NAG.1, NAG.9 Ligand excluded by PLIP NAG.14: 4 residues within 4Å: Chain C: N.164 Chain D: N.164 Ligands: NAG.2, NAG.10 Ligand excluded by PLIP NAG.15: 5 residues within 4Å: Chain C: N.182 Chain D: N.182, N.183 Ligands: NAG.3, NAG.11 Ligand excluded by PLIP NAG.16: 4 residues within 4Å: Chain D: N.151, T.153 Ligands: NAG.4, NAG.12 Ligand excluded by PLIP NAG.17: 4 residues within 4Å: Chain A: N.145 Chain E: L.144, N.145 Ligands: NAG.1 Ligand excluded by PLIP NAG.18: 3 residues within 4Å: Chain A: N.164 Chain E: N.164 Ligands: NAG.2 Ligand excluded by PLIP NAG.19: 4 residues within 4Å: Chain A: N.182 Chain E: N.182, N.183 Ligands: NAG.3 Ligand excluded by PLIP NAG.20: 3 residues within 4Å: Chain E: N.151, T.153 Ligands: NAG.4 Ligand excluded by PLIP

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Jiang, Y.X. et al., Amyloid fibrils in FTLD-TDP are composed of TMEM106B and not TDP-43. Nature (2022)

Release Date

2022-03-09

Peptides

Transmembrane protein 106B: ABCDE

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

C
C

D
D

E
E

Transmembrane protein 106B

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