SMTL ID : 7sar.1

Cryo-EM structure of TMEM106B fibrils extracted from a FTLD-TDP patient, polymorph 2

Coordinates

PDB Format Compare

Method

ELECTRON MICROSCOPY

Oligo State

homo-10-mer

Ligands

40 x NAG: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose(Post Translational Modification)

NAG.1: 5 residues within 4Å: Chain A: N.151, T.153 Chain D: N.151 Ligands: NAG.13, NAG.21 Ligand excluded by PLIP NAG.2: 4 residues within 4Å: Chain A: N.164, T.166 Ligands: NAG.14, NAG.22 Ligand excluded by PLIP NAG.3: 5 residues within 4Å: Chain A: N.182, N.183 Chain D: N.182 Ligands: NAG.15, NAG.23 Ligand excluded by PLIP NAG.4: 4 residues within 4Å: Chain A: N.145 Chain D: N.145 Ligands: NAG.16, NAG.24 Ligand excluded by PLIP NAG.5: 5 residues within 4Å: Chain B: N.151, T.153 Chain C: N.151 Ligands: NAG.9, NAG.17 Ligand excluded by PLIP NAG.6: 4 residues within 4Å: Chain B: N.164, T.166 Ligands: NAG.10, NAG.18 Ligand excluded by PLIP NAG.7: 5 residues within 4Å: Chain B: N.182, N.183 Chain C: N.182 Ligands: NAG.11, NAG.19 Ligand excluded by PLIP NAG.8: 4 residues within 4Å: Chain B: N.145 Chain C: N.145 Ligands: NAG.12, NAG.20 Ligand excluded by PLIP NAG.9: 5 residues within 4Å: Chain C: N.151, T.153 Chain H: N.151 Ligands: NAG.5, NAG.29 Ligand excluded by PLIP NAG.10: 4 residues within 4Å: Chain C: N.164, T.166 Ligands: NAG.6, NAG.30 Ligand excluded by PLIP NAG.11: 5 residues within 4Å: Chain C: N.182, N.183 Chain H: N.182 Ligands: NAG.7, NAG.31 Ligand excluded by PLIP NAG.12: 4 residues within 4Å: Chain C: N.145 Chain H: N.145 Ligands: NAG.8, NAG.32 Ligand excluded by PLIP NAG.13: 5 residues within 4Å: Chain D: N.151, T.153 Chain G: N.151 Ligands: NAG.1, NAG.25 Ligand excluded by PLIP NAG.14: 4 residues within 4Å: Chain D: N.164, T.166 Ligands: NAG.2, NAG.26 Ligand excluded by PLIP NAG.15: 5 residues within 4Å: Chain D: N.182, N.183 Chain G: N.182 Ligands: NAG.3, NAG.27 Ligand excluded by PLIP NAG.16: 4 residues within 4Å: Chain D: N.145 Chain G: N.145 Ligands: NAG.4, NAG.28 Ligand excluded by PLIP NAG.17: 5 residues within 4Å: Chain B: N.151 Chain E: N.151, T.153 Ligands: NAG.5, NAG.37 Ligand excluded by PLIP NAG.18: 4 residues within 4Å: Chain E: N.164, T.166 Ligands: NAG.6, NAG.38 Ligand excluded by PLIP NAG.19: 5 residues within 4Å: Chain B: N.182 Chain E: N.182, N.183 Ligands: NAG.7, NAG.39 Ligand excluded by PLIP NAG.20: 4 residues within 4Å: Chain B: N.145 Chain E: N.145 Ligands: NAG.8, NAG.40 Ligand excluded by PLIP NAG.21: 5 residues within 4Å: Chain A: N.151 Chain F: N.151, T.153 Ligands: NAG.1, NAG.33 Ligand excluded by PLIP NAG.22: 4 residues within 4Å: Chain F: N.164, T.166 Ligands: NAG.2, NAG.34 Ligand excluded by PLIP NAG.23: 5 residues within 4Å: Chain A: N.182 Chain F: N.182, N.183 Ligands: NAG.3, NAG.35 Ligand excluded by PLIP NAG.24: 4 residues within 4Å: Chain A: N.145 Chain F: N.145 Ligands: NAG.4, NAG.36 Ligand excluded by PLIP NAG.25: 3 residues within 4Å: Chain G: N.151, T.153 Ligands: NAG.13 Ligand excluded by PLIP NAG.26: 3 residues within 4Å: Chain G: N.164, T.166 Ligands: NAG.14 Ligand excluded by PLIP NAG.27: 3 residues within 4Å: Chain G: N.182, N.183 Ligands: NAG.15 Ligand excluded by PLIP NAG.28: 2 residues within 4Å: Chain G: N.145 Ligands: NAG.16 Ligand excluded by PLIP NAG.29: 3 residues within 4Å: Chain H: N.151, T.153 Ligands: NAG.9 Ligand excluded by PLIP NAG.30: 3 residues within 4Å: Chain H: N.164, T.166 Ligands: NAG.10 Ligand excluded by PLIP NAG.31: 3 residues within 4Å: Chain H: N.182, N.183 Ligands: NAG.11 Ligand excluded by PLIP NAG.32: 2 residues within 4Å: Chain H: N.145 Ligands: NAG.12 Ligand excluded by PLIP NAG.33: 4 residues within 4Å: Chain F: N.151 Chain I: N.151, T.153 Ligands: NAG.21 Ligand excluded by PLIP NAG.34: 3 residues within 4Å: Chain I: N.164, T.166 Ligands: NAG.22 Ligand excluded by PLIP NAG.35: 4 residues within 4Å: Chain F: N.182 Chain I: N.182, N.183 Ligands: NAG.23 Ligand excluded by PLIP NAG.36: 3 residues within 4Å: Chain F: N.145 Chain I: N.145 Ligands: NAG.24 Ligand excluded by PLIP NAG.37: 4 residues within 4Å: Chain E: N.151 Chain J: N.151, T.153 Ligands: NAG.17 Ligand excluded by PLIP NAG.38: 3 residues within 4Å: Chain J: N.164, T.166 Ligands: NAG.18 Ligand excluded by PLIP NAG.39: 4 residues within 4Å: Chain E: N.182 Chain J: N.182, N.183 Ligands: NAG.19 Ligand excluded by PLIP NAG.40: 3 residues within 4Å: Chain E: N.145 Chain J: N.145 Ligands: NAG.20 Ligand excluded by PLIP

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Jiang, Y.X. et al., Amyloid fibrils in FTLD-TDP are composed of TMEM106B and not TDP-43. Nature (2022)

Release Date

2022-03-09

Peptides

Transmembrane protein 106B: ABCDEFGHIJ

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

C
C

D
D

E
E

F
F

G
G

H
H

I
I

J
J

Transmembrane protein 106B

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