SMTL ID : 7t5y.1

E. coli dihydroorotate dehydrogenase bound to the inhibitor HMNQ

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.62 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x F2D: 3-methyl-2-[(2E)-non-2-en-1-yl]quinolin-4(1H)-one(Non-covalent)

F2D.1: 14 residues within 4Å: Chain A: Y.35, L.42, F.43, P.47, A.50, H.51, T.54, L.132, R.134, L.141, Y.350, F.353, I.354, P.358 11 PLIP interactions: 11 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:L.42, A:P.47, A:A.50, A:L.132, A:L.141, A:Y.350, A:F.353, A:I.354, A:P.358 Hydrogen bonds: A:H.51, A:R.134 F2D.5: 14 residues within 4Å: Chain B: Y.35, L.42, F.43, P.47, A.50, H.51, T.54, L.96, L.132, R.134, L.141, Y.350, F.353, I.354 14 PLIP interactions: 14 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:L.42, B:F.43, B:A.50, B:H.51, B:T.54, B:L.96, B:L.132, B:L.141, B:L.141, B:Y.350, B:F.353, B:F.353, B:I.354 Hydrogen bonds: B:R.134

1 x PO4: PHOSPHATE ION(Non-functional Binders)

PO4.2: 8 residues within 4Å: Chain A: H.51, G.95, L.96, K.98, L.132, M.145, N.148, Y.350 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:N.148, A:Y.350, A:Y.350 Salt bridges: A:H.51

2 x ORO: OROTIC ACID(Covalent)(Non-covalent)

ORO.3: 13 residues within 4Å: Chain A: K.98, T.118, N.143, M.145, G.146, F.147, N.204, S.207, P.208, N.209, N.278, T.279 Ligands: FMN.4 11 PLIP interactions: 11 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:F.147 Hydrogen bonds: A:T.118, A:N.143, A:G.146, A:F.147, A:N.204, A:S.207, A:N.209, A:N.278, A:N.278 Salt bridges: A:K.98 ORO.6: 12 residues within 4Å: Chain B: K.98, N.143, M.145, G.146, F.147, N.204, S.207, P.208, N.209, N.278, T.279 Ligands: FMN.7 12 PLIP interactions: 12 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:F.147 Hydrogen bonds: B:N.143, B:N.143, B:M.145, B:G.146, B:F.147, B:N.204, B:N.209, B:N.278, B:N.278, B:T.279 Salt bridges: B:K.98

2 x FMN: FLAVIN MONONUCLEOTIDE(Non-covalent)

FMN.4: 25 residues within 4Å: Chain A: A.93, A.94, G.95, K.98, G.117, T.118, L.132, L.141, N.143, N.171, N.204, K.249, T.277, N.278, T.279, S.299, G.300, L.303, V.327, G.328, G.329, I.349, Y.350, S.351 Ligands: ORO.3 19 PLIP interactions: 19 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:L.132, A:L.141, A:N.143 Hydrogen bonds: A:A.94, A:K.98, A:T.118, A:T.118, A:N.171, A:K.249, A:K.249, A:N.278, A:S.299, A:G.300, A:G.329, A:Y.350, A:S.351 Water bridges: A:G.328, A:I.330 pi-Stacking: A:Y.350 FMN.7: 23 residues within 4Å: Chain B: A.93, A.94, G.95, K.98, G.117, T.118, L.132, N.143, N.171, N.204, K.249, T.277, N.278, T.279, S.299, G.300, L.303, V.327, G.328, G.329, Y.350, S.351 Ligands: ORO.6 18 PLIP interactions: 18 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:L.132, B:N.143, B:T.279, B:Y.350 Hydrogen bonds: B:A.94, B:K.98, B:T.118, B:T.118, B:N.171, B:N.204, B:K.249, B:K.249, B:N.278, B:G.300, B:G.329, B:Y.350, B:S.351 pi-Stacking: B:Y.350

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Horwitz, S.M. et al., Structural insights into inhibition of the drug target dihydroorotate dehydrogenase by bacterial hydroxyalkylquinolines. Rsc Chem Biol (2022)

Release Date

2022-03-02

Peptides

Dihydroorotate dehydrogenase (quinone): AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

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