SMTL ID : 9mrp.1 (1 other biounit)

Crystal structures of a cyanobacterial DAP epimerase bound to L,L-aziDAP

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.50 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x ZDP: (2S,6S)-2,6-DIAMINO-2-METHYLHEPTANEDIOIC ACID(Covalent)

ZDP.1: 20 residues within 4Å: Chain A: N.13, F.15, I.64, N.66, P.72, M.74, C.75, G.76, N.77, G.78, N.164, P.165, N.197, E.215, R.216, A.218, A.223, C.224, G.225, T.226 17 PLIP interactions: 17 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:F.15, A:P.72 Hydrogen bonds: A:N.13, A:N.13, A:N.13, A:N.66, A:N.66, A:N.66, A:G.76, A:N.77, A:N.164, A:N.197, A:E.215, A:G.225, A:T.226, A:T.226 Salt bridges: A:R.216 ZDP.2: 20 residues within 4Å: Chain B: N.13, F.15, I.64, N.66, P.72, M.74, C.75, G.76, N.77, G.78, N.164, P.165, N.197, E.215, R.216, A.218, A.223, C.224, G.225, T.226 16 PLIP interactions: 16 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:F.15, B:P.72 Hydrogen bonds: B:N.13, B:N.13, B:N.13, B:N.66, B:N.66, B:N.66, B:G.76, B:N.77, B:N.164, B:N.197, B:G.225, B:T.226, B:T.226 Salt bridges: B:R.216

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Lamer, T. et al., Crystal structures of a cyanobacterial DAP epimerase bound to L,L-aziDAP. To Be Published

Release Date

2025-07-16

Peptides

Diaminopimelate epimerase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
D

Diaminopimelate epimerase

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