SMTL ID : 9mrv.1 (1 other biounit)

Crystal structures of a cyanobacterial DAP epimerase bound to D,L-alpha-methyl DAP

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.69 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x ZDR: (2R,6S)-2,6-DIAMINO-2-METHYLHEPTANEDIOIC ACID(Non-covalent)

ZDR.1: 22 residues within 4Å: Chain A: N.13, F.15, I.64, N.66, P.72, M.74, C.75, G.76, N.77, G.78, N.164, P.165, N.197, E.215, R.216, A.218, T.221, A.223, C.224, G.225, T.226, G.227 14 PLIP interactions: 14 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:P.72 Hydrogen bonds: A:N.13, A:N.66, A:G.76, A:N.77, A:N.164, A:N.197, A:E.215, A:G.225, A:T.226, A:T.226, A:T.226 Water bridges: A:N.13 Salt bridges: A:R.216 ZDR.2: 22 residues within 4Å: Chain B: N.13, F.15, I.64, N.66, P.72, M.74, C.75, G.76, N.77, G.78, N.164, P.165, N.197, E.215, R.216, A.218, T.221, A.223, C.224, G.225, T.226, G.227 16 PLIP interactions: 16 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:P.72 Hydrogen bonds: B:N.13, B:N.66, B:N.66, B:G.76, B:N.77, B:N.164, B:N.197, B:E.215, B:E.215, B:G.225, B:T.226, B:T.226, B:T.226 Water bridges: B:N.13 Salt bridges: B:R.216

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Lamer, T. et al., Crystal structures of a cyanobacterial DAP epimerase bound to diaminopimelic acid analogues. To Be Published

Release Date

2025-07-16

Peptides

Diaminopimelate epimerase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
C

Diaminopimelate epimerase

Related Entries With Identical Sequence