SMTL ID : 2fjv.1

RT29 Bound to D(CTTAATTCGAATTAAG) in complex with MMLV RT Catalytic Fragment

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.05 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x DC- DT- DT- DA- DA- DT- DT- DC: 5'-D(*CP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*C)-3'(Non-covalent)

DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.1: 15 residues within 4Å: Chain A: Y.41, L.76, R.93, K.97 Ligands: DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.2, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.2, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.2, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.2, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.2, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.2, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.2, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.2, HXL.3, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.4, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.5 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.4: 15 residues within 4Å: Chain B: Y.41, L.76, R.93, K.97 Ligands: DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.1, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.2, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.5, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.5, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.5, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.5, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.5, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.5, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.5, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.5, HXL.6 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available

2 x DG- DA- DA- DT- DT- DA- DA- DG: 5'-D(P*GP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*G)-3'(Non-covalent)

DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.2: 18 residues within 4Å: Chain A: Y.41, L.76, Q.90, D.91, L.92, R.93, G.168 Ligands: DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.1, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.1, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.1, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.1, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.1, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.1, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.1, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.1, HXL.3, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.4, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.5 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.5: 18 residues within 4Å: Chain B: Y.41, L.76, Q.90, D.91, L.92, R.93, G.168 Ligands: DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.1, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.2, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.4, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.4, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.4, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.4, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.4, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.4, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.4, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.4, HXL.6 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available

2 x HXL: 2-(4-(4-CARBAMIMIDOYLPHENOXY)PHENYL)-1H-BENZO[D]IMIDAZOLE-6-CARBOXIMIDAMIDE(Non-functional Binders)

HXL.3: 10 residues within 4Å: Ligands: DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.1, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.1, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.1, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.1, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.1, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.2, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.2, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.2, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.2, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.2 No protein-ligand interaction detected (PLIP) HXL.6: 10 residues within 4Å: Ligands: DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.4, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.4, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.4, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.4, DC-DT-DT-DA-DA-DT-DT-DC.4, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.5, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.5, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.5, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.5, DG-DA-DA-DT-DT-DA-DA-DG.5 No protein-ligand interaction detected (PLIP)

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Goodwin, K.D. et al., A High-Throughput, High-Resolution Strategy for the Study of Site-Selective DNA Binding Agents: Analysis of a "Highly Twisted" Benzimidazole-Diamidine. J.Am.Chem.Soc. (2006)

Release Date

2006-06-27

Peptides

Reverse transcriptase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
A

Reverse transcriptase

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