- Coordinates
- PDB Format
- Method
- X-RAY DIFFRACTION 2.50 Å
- Oligo State
- hetero-oligomer
- Ligands
- 2 x GTP: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE(Non-covalent)
- 6 x MG: MAGNESIUM ION(Non-covalent)
MG.2: 3 residues within 4Å:- Chain A: D.69, E.71
- Ligands: GTP.1
No protein-ligand interaction detected (PLIP)MG.5: 3 residues within 4Å:- Chain B: Q.11, E.69
- Ligands: GDP.4
No protein-ligand interaction detected (PLIP)MG.8: 2 residues within 4Å:- Chain B: D.295, S.296
2 PLIP interactions:1 interactions with chain B, 1 Ligand-Water interactions- Metal complexes: B:S.296, H2O.2
MG.10: 3 residues within 4Å:- Chain C: D.69, E.71
- Ligands: GTP.9
No protein-ligand interaction detected (PLIP)MG.13: 5 residues within 4Å:- Chain D: S.176, T.178, E.181
- Ligands: GDP.12, MG.14
No protein-ligand interaction detected (PLIP)MG.14: 4 residues within 4Å:- Chain D: Q.11, N.99
- Ligands: GDP.12, MG.13
No protein-ligand interaction detected (PLIP)- 4 x CA: CALCIUM ION(Non-covalent)
CA.3: 5 residues within 4Å:- Chain A: D.39, T.41, G.44, D.47, E.55
5 PLIP interactions:5 interactions with chain A- Metal complexes: A:D.39, A:T.41, A:T.41, A:G.44, A:E.55
CA.6: 1 residues within 4Å:- Chain B: E.111
No protein-ligand interaction detected (PLIP)CA.11: 6 residues within 4Å:- Chain C: D.39, T.41, G.44, G.45, D.47, E.55
4 PLIP interactions:4 interactions with chain C- Metal complexes: C:D.39, C:D.39, C:T.41, C:E.55
CA.16: 3 residues within 4Å:- Chain A: S.158, E.196
- Chain E: D.42
No protein-ligand interaction detected (PLIP)- 2 x GDP: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE(Non-covalent)
GDP.4: 18 residues within 4Å:- Chain B: G.10, Q.11, C.12, Q.15, N.99, S.138, G.141, G.142, T.143, G.144, V.175, S.176, E.181, N.204, Y.222, N.226
- Ligands: MG.5, 6YK.7
19 PLIP interactions:19 interactions with chain B- Hydrogen bonds: B:Q.11, B:Q.11, B:C.12, B:S.138, B:G.142, B:T.143, B:T.143, B:G.144, B:E.181, B:N.204, B:N.204, B:N.204, B:N.226
- Water bridges: B:A.97, B:A.97, B:S.138, B:L.139
- pi-Stacking: B:Y.222, B:Y.222
GDP.12: 21 residues within 4Å:- Chain D: G.10, Q.11, C.12, Q.15, I.16, N.99, S.138, G.141, G.142, T.143, G.144, V.175, S.176, E.181, N.204, Y.222, L.225, N.226
- Ligands: MG.13, MG.14, 6YK.15
14 PLIP interactions:14 interactions with chain D- Hydrogen bonds: D:Q.11, D:C.12, D:S.138, D:G.142, D:T.143, D:T.143, D:G.144, D:E.181, D:N.204, D:N.204, D:N.204, D:N.226
- pi-Stacking: D:Y.222, D:Y.222
- 2 x 6YK: (2~{S},4~{R})-4-[[2-[(1~{R},3~{R})-1-acetyloxy-3-[[(2~{S},3~{S})-2-[[(2~{R})-1,2-dimethylpyrrolidin-2-yl]carbonylamino]-3-methyl-pentanoyl]-methyl-amino]-4-methyl-pentyl]-1,3-thiazol-4-yl]carbonylamino]-5-(4-aminophenyl)-2-methyl-pentanoic acid(Non-covalent)
6YK.7: 22 residues within 4Å:- Chain B: Q.11, Q.15, P.173, K.174, V.175, D.177, T.219, P.220, T.221, Y.222, G.223, L.225, R.276
- Chain C: L.248, P.325, V.328, N.329, I.332, F.351, V.353, I.355
- Ligands: GDP.4
21 PLIP interactions:8 interactions with chain C, 13 interactions with chain B- Hydrophobic interactions: C:L.248, C:P.325, C:V.328, C:I.332, C:V.353, C:I.355, B:Q.15, B:T.219, B:T.221, B:Y.222, B:Y.222, B:L.225
- Hydrogen bonds: C:N.329, C:N.329, B:Q.11, B:T.221, B:Y.222, B:G.223
- Water bridges: B:Q.15
- Salt bridges: B:D.177, B:R.276
6YK.15: 14 residues within 4Å:- Chain D: Q.11, Q.15, K.174, V.175, S.176, D.177, T.219, P.220, T.221, Y.222, G.223, L.225, R.276
- Ligands: GDP.12
13 PLIP interactions:13 interactions with chain D- Hydrophobic interactions: D:Q.15, D:T.219, D:T.221, D:Y.222, D:Y.222, D:Y.222, D:L.225
- Hydrogen bonds: D:Q.11, D:Q.15, D:T.221, D:Y.222, D:G.223
- Salt bridges: D:R.276
- 1 x ADP: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE(Non-covalent)
ADP.17: 17 residues within 4Å:- Chain F: K.74, I.148, K.150, Q.183, K.184, Y.185, L.186, K.198, D.200, H.239, L.240, T.241, N.242, D.318, M.320, I.330, E.331
10 PLIP interactions:10 interactions with chain F- Hydrogen bonds: F:K.150, F:Q.183, F:L.186, F:K.198, F:T.241, F:T.241, F:N.242
- Salt bridges: F:K.74, F:K.74, F:K.150
- Links
- RCSB PDBe PDBe-KB PDBj PDBsum CATH PLIP
- Citation
- Leverett, C.A. et al., Design, Synthesis, and Cytotoxic Evaluation of Novel Tubulysin Analogues as ADC Payloads. ACS Med Chem Lett (2016)
- Release Date
- 2016-12-28
- Peptides
- Tubulin alpha chain: AC
Tubulin beta chain: BD
Stathmin-4: E
TTL protein: F - SMTL:PDB
- SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:A
AC
CB
BD
DE
EF
F
SMTL ID : 5kx5.1
Crystal structure of tubulin-stathmin-TTL-Compound 11 complex
Tubulin alpha chain
Tubulin beta chain
Stathmin-4
TTL protein
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