SMTL ID : 1a34.5 (4 other biounits)

SATELLITE TOBACCO MOSAIC VIRUS/RNA COMPLEX

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.81 Å

Oligo State

homo-15-mer

Ligands

15 x SO4: SULFATE ION(Non-functional Binders)

SO4.1: 14 residues within 4Å: Chain A: N.115, N.117 Chain D: N.115, N.117 Chain G: N.115, N.117 Chain J: N.115, N.117 Chain M: N.115, N.117 Ligands: SO4.3, SO4.5, SO4.7, SO4.9 10 PLIP interactions: 2 interactions with chain J, 2 interactions with chain G, 2 interactions with chain D, 2 interactions with chain A, 2 interactions with chain M Hydrogen bonds: J:N.115, J:N.117, G:N.115, G:N.117, D:N.115, D:N.117, A:N.115, A:N.117, M:N.115, M:N.117 SO4.3: 14 residues within 4Å: Chain A: N.115, N.117 Chain D: N.115, N.117 Chain G: N.115, N.117 Chain J: N.115, N.117 Chain M: N.115, N.117 Ligands: SO4.1, SO4.5, SO4.7, SO4.9 10 PLIP interactions: 2 interactions with chain J, 2 interactions with chain G, 2 interactions with chain D, 2 interactions with chain A, 2 interactions with chain M Hydrogen bonds: J:N.115, J:N.117, G:N.115, G:N.117, D:N.115, D:N.117, A:N.115, A:N.117, M:N.115, M:N.117 SO4.5: 14 residues within 4Å: Chain A: N.115, N.117 Chain D: N.115, N.117 Chain G: N.115, N.117 Chain J: 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15 x U: URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE(Non-covalent)

U.2: 12 residues within 4Å: Chain A: T.13, G.14, I.23 Chain B: A.8, A.9 Chain P: M.76, S.77, R.125, R.131, S.155 Chain R: U.8, U.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U.4: 12 residues within 4Å: Chain D: T.13, G.14, I.23 Chain E: A.8, A.9 Chain a: M.76, S.77, R.125, R.131, S.155 Chain c: U.8, U.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U.6: 5 residues within 4Å: Chain G: T.13, G.14, I.23 Chain H: A.8, A.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U.8: 5 residues within 4Å: Chain J: T.13, G.14, I.23 Chain K: A.8, A.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U.10: 5 residues within 4Å: Chain M: T.13, G.14, I.23 Chain N: A.8, A.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U.12: 12 residues within 4Å: Chain A: M.76, S.77, R.125, R.131, S.155 Chain C: U.8, U.9 Chain P: T.13, G.14, I.23 Chain Q: A.8, A.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U.14: 5 residues within 4Å: Chain S: T.13, G.14, I.23 Chain T: A.8, A.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U.16: 5 residues within 4Å: Chain V: T.13, G.14, I.23 Chain W: A.8, A.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U.18: 5 residues within 4Å: Chain Y: T.13, G.14, I.23 Chain Z: A.8, A.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U.20: 12 residues within 4Å: Chain 1: T.13, G.14, I.23 Chain 2: A.8, A.9 Chain d: M.76, S.77, R.125, R.131, S.155 Chain f: U.8, U.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U.22: 5 residues within 4Å: Chain 4: T.13, G.14, I.23 Chain 5: A.8, A.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U.24: 5 residues within 4Å: Chain 7: T.13, G.14, I.23 Chain 8: A.8, A.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U.26: 12 residues within 4Å: Chain D: M.76, S.77, R.125, R.131, S.155 Chain F: U.8, U.9 Chain a: T.13, G.14, I.23 Chain b: A.8, A.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U.28: 12 residues within 4Å: Chain 1: M.76, S.77, R.125, R.131, S.155 Chain 3: U.8, U.9 Chain d: T.13, G.14, I.23 Chain e: A.8, A.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U.30: 5 residues within 4Å: Chain g: T.13, G.14, I.23 Chain h: A.8, A.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Larson, S.B. et al., Refined structure of satellite tobacco mosaic virus at 1.8 A resolution. J.Mol.Biol. (1998)

Release Date

1998-04-29

Peptides

PROTEIN (SATELLITE TOBACCO MOSAIC VIRUS): ADGJMPSVY147adg

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
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PROTEIN (SATELLITE TOBACCO MOSAIC VIRUS)

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